Hải quân Indonesia biên chế 150 tàu các loại, trong đó có gần 70 tàu chiến đấu mặt nước và tàu ngầm.
“Danh hiệu chiến hạm lớn nhất” Hải quân Indonesia thuộc về 6 chiếc tàu lớp Ahmad Yani mà nước này mua của Hà Lan năm 1986-1987. Ahmad Yani có lượng giãn nước 2.850 tấn, dài 113,4m, thủy thủ đoàn 180 người. Tàu trang bị hỏa lực gồm: pháo hạm 76mm, tổ hợp tên lửa hành trình chống tàu SS-N-26 hoặc C-802, tổ hợp tên lửa đối không Mistral, hệ thống chống ngầm.
Đội tàu hộ tống tương đối đông đảo với gần 30 tàu, hiện đại nhất là 4 tàu lớp Sigma 9113 mà Hải quân Indonesia đặt mua từ Hà Lan. Sigma 9113 có lượng giãn nước 1.692 tấn, dài 90,71m, thủy thủ đoàn 100. Tàu được vũ trang: pháo hạm 76mm, tổ hợp tên lửa chống tàu MM40 Block II, tên lửa đối không Mistral, ngư lôi chống ngầm.
Hải quân Indonesia còn có 3 tàu hộ tống thế hệ cũ lớp Fatahillah mua của Hà Lan năm 1977. Con tàu có lượng giãn nước 1.450 tấn, trang bị vũ khí hệ cũ.
Chiếm số đông nhất trong đội tàu hộ tống là 16 tàu săn ngầm lớp Parchim được Indonesia nhập khẩu từ Đức với giá “rẻ như cho” 12,7 triệu USD. Lớp Parchim có lượng giãn nước 950 tấn, dài 72,5m. Tàu trang bị hệ thống vũ khí dùng cho nhiệm vụ tiêu diệt tàu ngầm gồm: 2 tổ hợp rocket phóng loạt săn ngầm RBU-6000 (tầm bắn 6.000m, xuyên sâu xuống mặt nước 500m); 4 ống phóng ngư lôi 400mm.
Tương lai gần, Indonesia sẽ bổ sung thêm 3 tàu hộ vệ tên lửa Nakhoda Ragam mua của hãng BAE System.
Chiếm một nửa trong 70 chiếc tàu chiến đấu còn lại là tàu cao tốc tên lửa, tàu pháo tuần tra cỡ nhỏ (lượng giãn nước dưới 500 tấn). Trong ảnh là tàu cao tốc tên lửa lớp Mandau (4 chiếc) nhập khẩu từ Hàn Quốc.
Tàu pháo tuần tra lớp Boa (13 chiếc) do công nghiệp đóng tàu quân sự Indonesia thiết kế sản xuất.
Indonesia đang tích cực xây dựng phát triển công nghiệp đóng tàu quân sự và ít nhiều đạt được những thành tựu đáng kể. Trong ảnh là tàu tên lửa 3 thân X3K do hãng PT Ludin Indonesia tự thiết kế đóng mới. Đây được xem là tàu tên lửa tàng hình hiện đại nhất Đông Nam Á, tuy nhiên chỉ ít ngày sau khi hạ thủy con tàu đã cháy ra tro do hỏa hoạn. Hiện nay, PT Ludin có kế hoạch đóng thêm 3-4 chiếc khác.
Một sản phẩm khác của ngành công nghiệp đóng tàu quân sự Indonesia, tàu cao tốc tên lửa KCR-40.
Lực lượng tàu ngầm của Hải quân Indonesia đang duy trì 2 chiếc lớp Cakra (hay gọi là Type 209) do hãng HDW Đức đóng mới. Tàu có lượng giãn nước 1.810 tấn, dài 64,4m, trang bị 8 máy phóng ngư lôi 533mm bắn được ngư lôi hoặc tên lửa chống tàu UGM-84. Dự kiến tới năm 2015, Indonesia sẽ tiếp nhận thêm 3 tàu ngầm tấn công lớp Changbogo của Hàn Quốc.