Trong giai đoạn 2 vụ án "chuyến bay giải cứu", Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đề nghị truy tố cựu chuyên viên Phòng Khoa giáo Văn xã, thuộc Văn phòng UBND tỉnh Hải Dương Lê Thị Phượng tội Nhận hối lộ.
Theo kết luận điều tra, thực hiện chủ trương về việc tổ chức các chuyến bay "Combo" đưa công dân Việt Nam bị mắc kẹt ở nước ngoài về nước cách ly tại địa phương, UBND các tỉnh, thành phố, có nhiệm vụ tiếp nhận hồ sơ, thẩm định, đề xuất, ra văn bản chấp thuận chủ trương cách ly cho các doanh nghiệp đưa công dân về nước để thực hiện cách ly y tế tại địa phương.
Ở Hải Dương, Văn phòng UBND tỉnh Hải Dương được giao thực hiện nhiệm vụ này. Trong đó, Lê Thị Phượng, được phân công tiếp nhận hồ sơ, tham mưu, đề xuất lãnh đạo UBND tỉnh Hải Dương chấp thuận chủ trương để công ty, doanh nghiệp tổ chức đưa công dân Việt Nam từ nước ngoài về cách ly trên địa bàn tỉnh.
Khoảng đầu tháng 6-2021, sau khi được Võ Thị Hồng (bị can giai đoạn 1 vụ án) nhờ xin cấp phép tổ chức chuyến bay cho Công ty cổ phần dịch vụ và Thương mại du lịch Sora, Công ty TNHH Thương mại và Du lịch Quốc tế Biển Bạc, Bùi Huy Hoàng (bị can giai đoạn 1) đã liên hệ với Phượng để nhờ xin công văn chấp thuận của UBND tỉnh Hải Dương.
Sau đó, Hoàng đã liên hệ và được Phượng đồng ý. Từ tháng 6-2021 đến cuối tháng 11-2021, Hoàng đã 2 lần đưa tiền cho Phượng, tổng cộng 650 triệu đồng.
Lần đầu vào ngày 8-6-2021, Phượng nhận 300 triệu đồng tiền mặt từ Hoàng tại nhà riêng để xin công văn chấp thuận cho 158 công dân về nước trên chuyến bay của Công ty Sora, cách ly tại khách sạn Kim Sơn, TP Hải Dương.
Lần 2 vào cuối tháng 11-2021, Phượng nhận 350 triệu đồng tiền mặt từ Hoàng tại phòng làm việc của Phượng để đề xuất UBND tỉnh Hải Dương chấp thuận cách ly cho 425 công dân về nước trên 2 chuyến bay dự kiến tổ chức vào tháng 12-2021, 1-2022 của Công ty Biển Bạc.
Tuy nhiên, do Hồng không tổ chức chuyến bay nên Hồng đề nghị Hoàng trả lại tiền chi phí xin công văn của UBND tỉnh Hải Dương. Vì vậy, Hoàng đã đề nghị Phượng trả lại tiền cho Hoàng như thỏa thuận từ trước nhưng Phượng chỉ trả lại cho Hoàng 50 triệu đồng. Số tiền này, Hoàng nhờ em trai là Bùi Huy Hiếu đến gặp Phượng để nhận tiền.