Một ngày sau khi phát hiện chiếc tàu ngầm, hai tàu khu trục Nhật Bản đã xác định lại có tàu ngầm nổi lên trên mặt biển Hoa Đông, chính xác là phía tây bắc quần đảo Senkaku và tàu này có treo cờ Trung Quốc. Các tàu của Nhật đã thực hiện giám sát chiếc tàu ngầm.
Bộ Quốc phòng Nhật Bản cho biết đây là lần đầu tiên xác định được tàu ngầm của Trung Quốc ở vùng tiếp giáp quần đảo Senkaku.
Ngay 12.1, Thứ trưởng Bộ Ngoại giao Nhật Bản Shinsuke Sugiyama đã gọi điện cho Đại sứ Trung Quốc tại Nhật Bản, ông Trình Vĩnh Hoa, để than phiền sự việc trên. Ông Sugiyama mô tả vụ việc trên như là nỗ lực một chiều để thay đổi hiện trạng liên quan đến Senkaku, và ông yêu cầu Trung Quốc phải thực hiện các biện pháp để ngừng tái diễn.
"Tình hình hết sức quan ngại", Bộ trưởng Quốc phòng Nhật Itunori Onodera nói với các phóng viên hôm 12.1, "Chúng ta cần phải cảnh giác tuyệt đối và quan sát tình hình một cách thận trọng".
Theo Nikkei, Trung Quốc khẳng định rằng tàu ngầm đã tiến vào khu tiếp giáp Senkaku để đáp trả việc tàu MSDF của Nhật trước đó xuất hiện tại khu vực này. Trong khi đó, Bộ Ngoại giao Nhật Bản cho biết tàu MSDF chỉ xuất hiện để thực hiện nhiệm vụ theo dõi tàu ngầm, và Trung Quốc phải chịu trách nhiệm khi châm ngòi vấn đề.
Một quan chức Bộ Ngoại giao Nhật cho biết chính phủ cần phải xác định xem tàu ngầm Trung Quốc hành động là do thực hiện lệnh từ trên xuống hay chỉ là một hành động mang tính tự phát.
Trước đó, Tokyo cho biết các tàu hải quân Nhật Bản phát hiện một tàu hộ vệ Type 054A (NATO định danh Jiangkai II) 4.000 tấn của Trung Quốc ở gần quần đảo Senkaku vào 11 giờ sáng 11.1.
Ngay hôm đó 11.1, Thứ trưởng Ngoại giao Nhật Bản Shinsuke Sugiyama đã triệu Đại sứ Trung Quốc tại Tokyo Trình Vĩnh Hoa để bày tỏ quan ngại. Ông Sugiyama "đề nghị Trung Quốc không can thiệp vào dòng chảy cải thiện quan hệ Nhật - Trung". Người phát ngôn Bộ Ngoại giao Trung Quốc Lục Khảng nói "các tàu Trung Quốc chỉ giám sát hoạt động của phía Nhật Bản", nhắc lại tuyên bố đòi chủ quyền của Trung Quốc với quần đảo.