Nguyên nhân ban đầu được cho là do phi công mất kiểm soát, máy bay đã lao thẳng xuống và va chạm với một chiếc máy bay khác đang đỗ trên đường băng.
Cả hai máy bay đều bị hỏng nặng phần thân vỏ sau cú va chạm.
Theo đó, trong quá trình tiếp đất, máy bay Boeing 727 trượt ra khỏi đường băng và va chạm vào mảnh vỡ của máy bay từng gặp sự cố vào ngày 9/2 của African Express Airways.
Vào thời điểm xảy ra va chạm, chiếc máy bay này đang vận chuyển 7 người cùng nhiều hàng hóa. Họ đã được sơ tán kịp thời nhưng ghi nhận 1 trường hợp bị thương.
Bol Mijok Lual - Quyền Tổng Giám đốc sân bay Malakal - cho biết: "Một chiếc máy bay chở hàng lớn đã hạ cánh và rơi tại sân bay của chúng tôi vào lúc 11h ngày 31/3. Chiếc máy bay này đã hạ cánh xa đường băng vài mét, dẫn đến việc lốp nổ và chiếc máy bay lật ngửa. Sau đó, phương tiện bị mất kiểm soát và va chạm vào một chiếc máy bay khác đã gặp sự cố trước đó."
Hiện tại, nguyên nhân của vụ tai nạn máy bay đang được điều tra và làm rõ.
