Lời kể của thủy thủ Đậu Ngọc Hùng là cơ sở chính để tìm nguyên nhân chìm tàu.
Trong thực tiễn, để đảm bảo việc san phẳng hàng hóa trong hầm hàng cần phải sử dụng xe ủi mới có thể đẩy hàng vào các chỗ trống trong góc, sát vách ngăn (hầm hàng).
Chính thủy thủ Hùng được giao nhiệm vụ làm sạch xung quanh hầm hàng và đóng nắp hầm để bảo đảm an toàn khi ra khơi. Các nắp hầm hàng lúc đó được thủy thủ Hùng cho rằng trong tình trạng bình thường.
Kết luận của tổ điều tra, muốn xác định nguyên nhân chìm tàu Vinalines Queen cần phải phân tích yếu tố làm tàu nghiêng (dẫn tới lật và chìm tàu). Căn cứ vào chứng cứ, nguyên nhân dẫn tới hậu quả trên phụ thuộc vào ảnh hưởng thời tiết, sự thay đổi điều kiện ổn định và quyết định của thuyền trưởng.
Như vậy, thời tiết khi tàu Vinalines Queen gặp nạn được tổ điều tra đánh giá là “xấu, sóng gió tăng dần. Đặc biệt từ ngày 24/12/2011 trở đi, gió Đông bắc cấp 8-9, biển động dữ dội, sóng cao 5-6 m”.
Trong điều kiện thời tiết này, sự thay đổi ổn định của
tàu được xác định: “Tàu lắc ngang, lắc dọc mạnh kết hợp lắc cứng (chu
kỳ lắc nhanh do trọng tâm tàu thấp vì quặng Nickel là loại hàng nặng, tỷ
trọng lớn), có khả năng làm cho quặng Nickel trong các hầm cọ xát đến
bị hóa lỏng.
Cũng không loại trừ khả năng các nắp hầm hàng, lối lên xuống hầm hàng không được thuyền viên đóng kín trước khi tàu rời cảng (nên khi gặp thời tiết xấu dẫn đến nước biển vào hầm hàng) làm cho hàng bị hóa lỏng. Mặt khác, do sóng to tác động bên mạn tàu phải làm tàu có xu hướng nghiêng sang trái, dẫn tới lượng hàng bị hóa lỏng trong hầm dồn sang mạn trái, càng làm làm tàu nghiêng sang trái mạnh”.
Quyết định của thuyền trưởng trong thời khắc nguy hiểm cũng được tổ điều tra nhận xét: Bơm nước dằn để điều chỉnh độ nghiêng của tàu là không hiệu quả, càng gây bất lợi nhiều hơn.
Trong sự cố có cả nguyên nhân chủ quan của người điều khiển.
Ngay cả quyết định cho Vinalines Queen quay chuyển hướng đi 240 độ (xuôi sóng một phần tư phía lái mạn phải) sẽ xuất hiện các tác động của sóng biển ảnh hưởng xấu đến tính ổn định của tàu. Thuyền trưởng được cho là không đánh giá được tình trạng khẩn cấp nên không kịp đưa ra quyết định phù hợp (phát tín hiệu cấp cứu, tổ chức rời bỏ tàu kịp thời).
Về thắc mắc, con tàu hiện đại nhưng khi chìm không để
lại tín hiệu, Tổ điều tra nhận định thuyền trưởng chưa chủ động phát tín
hiệu cấp cứu bằng thiết bị vô tuyến điện VHF.
Ngoài ra, phao vô tuyến chỉ báo vị trí khẩn cấp không được đặt đúng vị trí quy định hoặc khi chìm tàu, phao bung ra nhưng vướng các kết cấu của tàu, hoặc thuyền trưởng chưa chủ động kích hoạt... Tổ điều tra cũng đã thực nghiệm vụ chìm tàu này.