Từ chỗ là sự tham gia góp vốn của ngân hàng quốc doanh trong một số tổ chức tín dụng đặc biệt, dần dần hình thức đầu tư lẫn nhau giữa các ngân hàng trở nên đa dạng hơn, rắc rối hơn, với sự tham gia của ngân hàng cổ phần, đối tác nước ngoài và gần đây là các tập đoàn, tổng công ty nhà nước.
Quan hệ sở hữu của các ngân hàng thương mại nhà nước tại các ngân hàng thương mại cổ phần hình thành chủ yếu để giải quyết việc yếu kém nghiệp vụ ngân hàng cổ phần trong giai đoạn đầu thành lập cũng như trong giai đoạn khủng hoảng 1997-1998.
Hiện có gần 8 ngân hàng cổ phần có quan hệ cổ phần với 4 ngân hàng quốc doanh. Tiêu biểu là Vietcombank, nhà băng này đang sở hữu 11% tại Ngân hàng Quân đội; 8,2% tại Eximbank; 4,7% tại Ngân hàng Phương đông và 5,3% tại Ngân hàng Sài Gòn.
Việc sở hữu chéo cũng tạo điều kiện để các doanh nghiệp nắm ngân hàng này có thể dễ dàng vay được vốn từ ngân hàng kia.Như vậy, ba trường hợp sở hữu này đều có nguy cơ dẫn đến việc các ngân
hàng thương mại sẽ tiến hành thẩm định vốn vay thiếu cẩn trọng.
Nếu điều này xảy ra, theo Ủy ban Kinh tế Quốc hội, đây có thể coi là một trong những nguyên nhân quan trọng dẫn đến nợ xấu trong hệ thống tăng cao.
Tại Hội nghị đầu tư 2012, Nguyên Bộ trưởng Bộ Thương mại - Thành viên Hội đồng chính sách tiền tệ quốc gia - ông Trương Đình Tuyển cũng lên tiếng phản đối hình thức sở hữu chéo. Vị chuyên gia này cho rằng, mặc dù pháp luật không cấm nhưng vấn đề mấu chốt là năng lực quản trị và Việt Nam cần đưa ra luật pháp cụ thể về vấn đề sở hữu chéo.
Luật sư Trần Phú Hải cũng thể hiện sự chia sẻ và đồng tình với đề xuất của nguyên Bộ trưởng Bộ Thương mại. "Tôi đồng ý, điều này phải ghi trong luật. Cần phải có luật cấm chủ tịch hoặc tổng giám đốc ngân hàng làm lãnh đạo các tập đoàn khác", vị luật sư này cho biết.
Bình luận về câu chuyện này, ông Võ Trí Thành - Viện phó Viện nghiên cứu quản lý kinh tế Trung Ương (CIEM) cho biết: "Sở hữu chéo là vấn đề ở Việt Nam hiện nay rất ít kinh nghiệm. Khi Luật các tổ chức tín dụng được thông qua, một trong những sai lầm chết người là xóa bức tường lửa của Ngân hàng Đầu tư và Ngân hàng thương mại".
Trong luật tín dụng, vẫn chưa chặt chẽ và rõ ràng phân biệt giữa ngân hàng đầu tư và ngân hàng thương mại truyền thống. Theo ông Thành, cần vừa tạo bức tường lửa chặt chẽ vừa tạo sự năng động cho hệ thống để tránh rủi ro.