Tại Slovan Liberec, Filip Nguyễn là thủ môn số một. Anh luôn thể hiện phong độ ổn định trong vài năm trở lại đây và được giới chuyên môn đánh giá cao. Tuy nhiên, tại đấu trường Cúp Quốc gia, HLV Hoftych lại thường trao cơ hội cho thủ môn dự bị Knobloch.
Mọi chuyện vẫn ổn thỏa cho đến trận chung kết, khi Slovan Liberec đối đầu Sparta Praha. Cuộc đọ sức diễn ra vô cùng kịch tính, 2 đội tạo ra nhiều tình huống nguy hiểm về phía khung thành của nhau. Bước ngoặt đến ở phút 72, với một sai sót ngớ ngẩn từ thủ môn Knobloch.
Trong một tình huống bóng không thực sự nguy hiểm, Knobloch chần chừ không phá bóng mà muốn bắt gọn. Kết quả là thủ môn này bị tiền đội đối phương cướp bóng ngay trước mặt. Không còn cách nào khác, Knobloch buộc phải phạm lỗi chịu quả penalty. Trên chấm 11m, thủ thành 27 tuổi không thể sửa sai và để cho Sparta Praha nâng tỉ số lên 2-1.
Chung kết Cúp Quốc gia CH Séc 2019/20: Slovan Liberec -1-2 Sparta Praha
2-1 cũng là kết quả cuối cùng của trận đấu. Sparta Praha giành chức vô địch. Còn Slovan Liberec để lỡ cơ hội giành danh hiệu đầu tiên từ năm 2015 và cũng mất tấm vé vào thẳng vòng sơ loại thứ ba Europa League 2020/21.
Tranh cãi nổ ra giữa các CĐV về quyết định sử dụng thủ môn Knobloch tại trận chung kết của HLV Hoftych. Một bên bảo vệ quyết định trên, bởi trên hành trình đến trận đấu cuối cùng, Knobloch chơi khá tốt.
Tuy nhiên, nhiều người hâm mộ cho rằng đáng lẽ Filip Nguyễn nên là người bắt chính. Thủ thành mang 2 dòng máu Việt-Séc rõ ràng giàu kinh nghiệm hơn trong các trận cầu đỉnh cao. Hơn nữa mùa này Filip Nguyễn từng tỏa sáng tại Cúp Quốc gia khi giúp Slovan Liberec vượt qua FC Slovácko tại vòng tứ kết trên loạt đá 11m.
Filip Nguyễn chưa thể có danh hiệu đầu tiên cùng Slovan Liberec
Slovan Liberec vẫn còn cơ hội lấy vé dự Europa League mùa sau thông qua con đường giải VĐQG CH Séc. Filip Nguyễn và đồng đội đang xếp thứ 4 trên BXH, đồng nghĩa với suất dự Europa League từ vòng sơ loại thứ hai. Dù vậy Slovan Liberec phải hết sức cẩn thận bởi kẻ rượt đuổi phía sau Jablonec chỉ kém họ đúng 1 điểm.
Filip Nguyễn là cầu thủ ra sân nhiều thứ hai cho Slovan Liberec tại giải VĐQG CH Séc mùa 2019/20 với 2.700 phút.
Anh nhiều lần bày tỏ mong muốn được khoác áo ĐT Việt Nam nhưng chưa hoàn tất thủ tục để lấy quốc tịch Việt Nam.