Bảo tàng gồm 5 tầng lầu, 1 tầng trệt với 18 phòng
Kiến trúc truyền thống trong bảo tàng
Với diện tích 600 m2 gồm 5 tầng lầu, 1 tầng trệt, trong đó có 18 phòng, bảo tàng lưu trữ hơn 3.000 hiện vật quý hiếm về y học cổ truyền.
Đặc biệt, khách đến tham quan Bảo tàng Y học cổ truyền Việt Nam sẽ đi từ tầng cao nhất rồi xuống tầng trệt.
Bảo tàng xây dựng chủ yếu từ gỗ, được chạm khắc công phu.
Lầu 4 và lầu 5 gồm có 8 phòng. Trong đó, phòng 1 "Niên biểu lịch sử y học cổ truyền Việt Nam" tái hiện lịch sử của nền y học cổ truyền Việt Nam.
Phòng 2 "Y tổ y học cổ truyền Việt Nam" gồm bàn thờ tổ danh y Tuệ Tĩnh - ông tổ của y học cổ truyền Việt Nam và danh y Hải Thượng Lãn Ông Lê Hữu Trác - tác giả công trình đồ sộ về y học cổ truyền, được coi là bộ bách khoa toàn thư của y học cổ truyền Việt Nam.
Bàn thờ Y tổ thờ 2 vị danh y Tuệ Tĩnh và Hải Thượng Lãn Ông Lê Hữu Trác
Phòng số 3 "Y học dân tộc thời tiền sử" trưng bày một số hiện vật liên quan y học cổ truyền có niên đại thời tiền sử.
Phòng số 3 "Y học dân tộc thời tiền sử" trưng bày một số hiện vật liên quan y học cổ truyền có niên đại thời tiền sử.
Phòng số 4 trưng bài 15 bức tranh sơn son thếp vàng truyền thống, khắc họa tên tuổi của các vị danh y và các tác giả có công lớn trong lịch sĩ y học cổ truyền…
Tranh sơn son thếp vàng
Lầu 3 gồm có 4 phòng, mỗi phòng đều có nét đặc trưng riêng như trưng bày hơn 300 mẫu cây thuốc và động vật, khoáng vật làm thuốc; tập tranh "Việt Nam bản thảo" kèm theo dụng cụ bào chế thuốc…
"Mô hình nhà thuốc Bắc thế kỷ XIX" thuộc phòng 10 là nơi được giới trẻ tìm đến chụp hình nhiều nhất.
Mô hình tái hiện hiệu thuốc Bắc với tủ thuốc, nhiều ngăn kéo ghi đầy đủ tên của từng loại, cân, bàn tính gỗ, các dược liệu.
Phòng 11 "Bộ sưu tập hũ rượu" là nơi lưu trữ nhiều bình rượu, chủ yếu là rượu bổ.
Lầu 2 lưu trữ một kho tàng về các bộ sưu tầm "Ấm - chén thuốc", "Dụng cụ cân, giã thuốc", "Ấm sắc thuốc", "Bình rượu thuốc".
Tầng trệt gồm quầy bán vé, quầy hàng lưu niệm, nhà thuốc dành cho khách tham quan ghé đến.
Những hình ảnh bên trong Bảo tàng Y học cổ truyền Việt Nam
Lầu 1 là nơi lưu trữ tranh về y học cổ truyền và mô hình "Thái Y Viện". Thái Y Viện được xây dựng theo phong cách cung đình, là nơi chăm sóc sức khỏe cho vua chúa và hoàng tộc.