Ban Chỉ đạo gồm 37 thành viên, do Chủ tịch UBND thành phố Nguyễn Đức Chung làm Trưởng ban Chỉ đạo.
Theo phân công nhiệm vụ, Trưởng ban Chỉ đạo chịu trách nhiệm trước Chính phủ, Thành ủy, HĐND thành phố về công tác phòng, chống dịch của thành phố.
Trưởng ban Chỉ đạo thay mặt UBND thành phố phụ trách công tác phòng, chống dịch; trực tiếp báo cáo Thủ tướng Chính phủ, Bộ Y tế, Thành ủy, HĐND thành phố về việc triển khai hoạt động phòng, chống dịch thành phố; chỉ đạo việc huy động lực lượng của các sở, ban, ngành, đoàn thể tham gia vào công tác phòng, chống dịch trên địa bàn thành phố.
Phó Chủ tịch UBND thành phố Ngô Văn Quý được phân công làm Phó Trưởng ban Thường trực. Một Phó Trưởng ban khác do ông Nguyễn Khắc Hiền, Giám đốc Sở Y tế đảm nhận.
Giám đốc Sở Y tế được phân công chỉ đạo các đơn vị trong ngành y tế triển khai giám sát, xử lý dịch, tổ chức cấp cứu điều trị bệnh nhân và chuẩn bị đầy đủ nhân lực, phương tiện, hóa chất, thuốc, kinh phí cho công tác phòng, chống dịch trên địa bàn thành phố Hà Nội.
34 thành viên còn lại của Ban Chỉ đạo công tác phòng, chống dịch bệnh viêm đường hô hấp cấp do nCoV gồm đại diện lãnh đạo Văn phòng Thành ủy, giám đốc các sở, ngành và đại diện một số đơn vị của thành phố.