Tại tờ trình gửi Thủ tướng, Bộ GTVT khẳng định thời điểm 31-12-2016, giá trị thực tế của Vinalines là trên 18.000 tỉ đồng, trong đó giá trị thực tế phần vốn nhà nước tại doanh nghiệp gần 12.000 tỉ đồng.
Vốn điều lệ của Vinalines gần 14.000 tỉ đồng, tương ứng hơn 1,3 tỉ cổ phần, mệnh giá một cổ phần là 10.000 đồng. Trong đó, Vinalines muốn bán 30% vốn điều lệ cho nhà đầu tư chiến lược.
Bộ GTVT khẳng định tại thời điểm trình phương án cổ phần hóa, chưa có nhà đầu tư nào đăng ký tham gia làm nhà đầu tư chiến lược. Nên việc lựa chọn và bán cổ phần cho nhà đầu tư chiến lược sẽ được thực hiện theo quy định của pháp luật sau khi phương án cổ phần hóa đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.
Tuy nhiên Bộ GTVT xác định, tiêu chí nhà đầu tư chiến lược phải là nhà đầu tư trong và nước ngoài hoạt động trong lĩnh vực vận chuyển hàng hóa bằng đường biển, kinh doanh khai thác cảng biển, kinh doanh xuất nhập khẩu hàng hóa hoặc các lĩnh vực có liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa, kinh doanh dịch vụ logistics , quản lý và khai thác cảng biển ; hai năm trước liền kề thời điểm đăng ký tham gia cổ đông chiến lược hoạt động sản xuất kinh doanh phải có lãi và không có lỗ lũy kế tại thời điểm gần nhất.
Đối với nhà đầu tư là các doanh nghiệp ngoài ngành hoặc tổ chức tài chính phải đảm bảo có quy mô vốn chủ sở hữu trên 1.000 tỉ đồng; 2 năm trước liền kề thời điểm đăng ký tham gia cổ đông chiến lược, hoạt động sản xuất kinh doanh phải có lãi và không có lỗ lũy kế tại thời điểm gần nhất.
Bộ GTVT đề nghị chi phí cổ phần hóa là trên 11 tỉ đồng. Dự toán này có thể thay đổi phụ thuộc vào kết quả bán cổ phần cho nhà đầu tư chiến lược, kết quả bán đấu giá cổ phần và chưa bao gồm thuế các loại.
Cổ phần phát hành lần đầu ra công chúng trong nước bán thông qua phương thức bán đấu giá, được tổ chức tại Sở Giao dịch chứng khoán TP Hà Nội.
Ngoài ra, Bộ GTVT cũng chỉ ra một số khó khăn trong việc cổ phần hóa của Vinalines.
Cụ thể, khi chuyển sang công ty cổ phần, đơn vị này phải trích lập ngay khoản dự phòng đầu tư tài chính với số tiền là 2.759 tỉ đồng vào chi phí kinh doanh trong năm tài chính đầu tiên dẫn đến kết quả kinh doanh của Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam sẽ lỗ lớn. Khoản lỗ này sẽ làm giảm phần vốn nhà nước tại công ty mẹ - tổng công ty.
Lý giải về khoản tiền trên, lãnh đạo Bộ GTVT khẳng định việc phải trích lập dự phòng là do khi lập báo cáo tài chính tại thời điểm 31-12-2016, Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam đã thực hiện hoàn nhập các khoản dự phòng đầu tư tài chính đã trích lập đầy đủ qua các năm (số tiền là 2.710 tỉ đồng).
Trong khi đó, giá trị các khoản đầu tư tài chính đã được xác định lại theo nguyên tắc thị trường, tăng thêm 573 tỉ đồng khi xác định giá trị doanh nghiệp (do bù trừ giá trị các khoản đầu tư tài chính tăng với các khoản đầu tư tài chính giảm).
Nếu thực hiện theo Nghị định số 59/2011 của Chính phủ, Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam sẽ không phải trích lập dự phòng đối với các khoản đầu tư tài chính này.
Bên cạnh đó, Bộ GTVT cũng lo ngại việc hạch toán không điều chỉnh lại giá trị tài sản theo kết quả xác định giá trị doanh nghiệp (đã được đánh giá lại sát với giá trị thị trường) mà giữ nguyên giá trị tài sản theo sổ sách kế toán dẫn đến chi phí khấu hao và chi phí kinh doanh tăng cao.
Khi xác định giá trị doanh nghiệp, giá trị tài sản của công ty mẹ - tổng công ty (chủ yếu là tàu biển ) giảm khoảng 862 tỉ đồng so với giá trị sổ sách. Chi phí khấu hao tăng cao dẫn đến hiệu quả hoạt động kinh doanh thấp, Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam khó có thể cạnh tranh được với các hãng tàu khác tại Việt Nam và quốc tế.
Hiện Văn phòng Chính phủ đã gửi văn bản đến các bộ, ngành để lấy ý kiến với những kiến nghị của Bộ GTVT.