Việc thu thuế bổ sung với Formosa là do cơ quan chức năng ghi nhận có phát sinh chênh lệch giữa lượng tồn kho hàng nhập khẩu tại công ty so với lượng tồn kho trên hồ sơ khai báo hải quan.
Theo đó, Công ty TNHH Hưng Nghiệp Formosa đã có văn bản gửi Bộ Tài chính, về việc không đồng ý nộp bổ sung thuế theo quyết định của Cục kiểm tra sau thông quan (Tổng cục Hải quan) ngày 12/5/2016.
Lý do phản đối quyết định nộp bổ sung thuế được Formosa nêu ra, là theo kết luận kiểm tra sau thông quan của Chi cục kiểm tra sau thông quan (Cục Hải quan Đồng Nai) "lượng NPL tồn kho thực tế tại công ty đến cuối năm 2010 thiếu hụt so với lượng tồn NPL chưa thanh khoản đến 31/12/2010 theo hồ sơ thanh khoản". Do đó, Formosa phải nộp bù thuế.
Tuy nhiên, doanh nghiệp này cho biết, chưa thấy có quy định nào hướng dẫn về việc phải tách riêng nguyên liệu nhập sản xuất hàng xuất khẩu và nhập kinh doanh.
Vì vậy hằng tháng, công ty in bảng báo cáo tổng lượng nguyên liệu tồn kho (bao gồm nguyên liệu nhập sản xuất hàng xuất khẩu và nhập kinh doanh) trên hệ thống máy tính để đối chiếu với lượng tồn trên báo cáo thanh khoản, nhằm tránh phát sinh chênh lệch tồn kho, tránh vi phạm quy định của hải quan.
Tuy nhiên, quyết định của đoàn kiểm tra sau thông quan của hải quan ban hành ngày 12/5/2016 lại căn cứ theo tỷ lệ kim ngạch nhập khẩu các loại nguyên liệu giữa hai loại hình nhập kinh doanh và nhập sản xuất để xuất khẩu để tính lượng tồn kho thực tế.
Từ đó, yêu cầu Formosa nộp bù thuế cho phần chênh lệch giữa nguyên liệu nhập sản xuất để xuất khẩu tồn kho trên báo cáo thanh khoản và lượng tồn kho thực tế với số tiền hơn 31 tỷ đồng.
Formosa đề nghị hải quan giải thích về cách tính của đoàn kiểm tra là dựa theo quy định cụ thể nào, tại sao chỉ dựa vào tỷ lệ kim ngạch nhập khẩu mà xác định được tồn koh tại một thời điểm.
Doanh nghiệp này cũng cho rằng, nếu theo cách tính của đoàn kiểm tra, sẽ xảy ra chênh lệch tồn kho ở bất kỳ thời điểm nào cơ quan chức năng tiến hành kiểm tra doanh nghiệp.
Formosa cũng cho biết, hầu hết nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu của công ty đều có thuế suất 0%. Nếu nhập loại hình kinh doanh, công ty cũng chỉ đóng thuế GTGT và sẽ được khấu trừ, hoàn lại thuế ở cơ quan thuế địa phương.
Do đó, Formosa khẳng định không bao giờ cố ý khai theo loại hình sản xuất hàng xuất khẩu để nhằm mục đích không nộp thuế.
Trước đó, cơ quan hải quan kiểm tra sau thông quan tại Formosa, nhận thấy phát sinh chênh lệch giữa lượng tồn kho tại công ty so với lượng tồn kho trên hồ sơ khai báo hải quan tính đến thời điểm 31/12/2014 là hơn 31 tỷ đồng. Trong đó, thuế nhập khẩu là 335,9 triệu đồng, thuế GTGT là 30,7 tỷ đồng.
Lý do được cơ quan hải quan đưa ra đó là do Formosa đã "không khai/khai không đúng, dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, được hoàn".