Các bị can đồng phạm với ông Phạm Thanh Tuấn đều là cựu lãnh đạo, cán bộ chiến sỹ Công an phường Phú Thọ Hòa, họ gồm: Nguyễn Đăng Chiến, Nguyễn Đức Hiền, Phạm Ngọc Vy, Lê Đình Vũ, Võ Quang Kế, Trịnh Hoàng Dương, Điền Đức Quang, Huỳnh Văn Tuấn, Nguyễn Minh Nhựt, Đỗ Hà Danh, Phan Văn Hòa và Lê Văn Qúy.
Vụ án này, ban đầu do Công an TPHCM điều tra và Viện KSND TPHCM đã ban hành cáo trạng chuyển TAND TPHCM xem xét mở phiên tòa.
Cuối tháng 10/2022, TAND TPHCM đã trả hồ sơ yêu cầu xác định dấu hiệu các bị can phạm tội Làm sai lệch hồ sơ vụ án, vụ việc, tha trái pháp luật pháp luật người phạm tội và xác định thẩm quyền điều tra vụ án.
Sau khi TAND TPHCM trả hồ sơ, Cơ quan điều tra Viện KSND tối cao thụ lý vụ án và nay ban hành kết luận điều tra bổ sung.
Theo kết luận điều tra bổ sung của Cơ quan điều tra Viện KSND tối cao, Phan Thanh Tuấn giữ chức vụ Trưởng Công an phường Phú Thọ Hòa từ tháng 4/2017 đến tháng 7/2020. Trong đó, ông Tuấn có nhiệm vụ quản lý toàn bộ hoạt động của các cán bộ, chiến sỹ trong đơn vị và trực tiếp phụ trách Tổ tổng hợp. Bị can Phan Văn Hòa giữ chức Phó trưởng Công an phường Phú Thọ Hòa, phụ trách Tổ phòng chống tội phạm; Lê Văn Quý giữ chức Phó trưởng Công an phường phụ trách Tổ cảnh sát khu vực…
Các bị can đã thông đồng nhau, yêu cầu các đối tượng bị bắt liên quan tới ma túy gọi điện thoại liên hệ với gia đình mang tiền tới trụ sở Công an phường ‘chung chi’ để được tha về, không bị xử lý.
Theo tài liệu do cơ quan điều tra thu thập, từ năm 2018 đến tháng 4/2020, qua tuần tra, các bị can đã phát hiện, bắt giữ, đưa về trụ sở công an phường ghi lời khai 51 người có hành vi mua bán, sử dụng, tàng trữ trái phép chất ma túy, sau đó ‘giải quyết’ cho những người này về nhà mà không xử lý.
29 đối tượng bị bắt đều bị câu lưu không quá 24 giờ hành chính tại trụ sở Công an phường Phú Thọ Hòa và bị lấy lời khai nhưng không bị niêm phong ma túy bắt giữ. Các đối tượng cũng khai bị bắt đã nộp cho các cán bộ Công an phường Phú Thọ Hòa hơn 1 tỷ đồng, 2 chỉ vàng miếng và 100 USD.
Cơ quan cảnh sát điều tra không thu được số tiền này, chỉ thu giữ được một số tài liệu, sổ sách và biên bản ghi lời khai các đối tượng bị bắt quả tang còn lưu giữ tại trụ sở Công an phường Phú Thọ Hòa làm vật chứng để chứng minh hành vi phạm tội của 13 bị can.
Cơ quan điều tra Viện KSND tối cao xác định, mặc dù các đối tượng liên quan đến ma túy có thừa nhận việc đưa tiền cho cán bộ Công an phường Phú Thọ Hòa, tuy nhiên không đủ căn cứ để khởi tố vụ án “Đưa hối lộ”, “Nhận hối lộ”, do việc giao nhận tiền chỉ có lời khai mà không có thêm chứng cứ gì.