Trong một tuyên bố với các phóng viên ở Manila, bà công tố viên Ombudsman Conchita Carpio Morales cho biết đã hạ lệnh truy tố tội hình sự chống lại cựu Tổng thống Aquino vì có trách nhiệm trong vụ đột kích Mamasapano. Cuộc đụng độ với các thành viên của Mặt trận Giải phóng Hồi giáo Moro, các Chiến binh Hồi giáo tự do Bangsamoro và các tay súng khác đã khiến 44 nhân viên thuộc lực lượng Đặc nhiệm thiệt mạng.
Bà Morales nói rằng ông Aquino sẽ bị buộc tội lạm dụng quyền hạn theo Bộ luật Hình sự sửa đổi của Philippines. Cũng trong cáo buộc này còn có tên cựu Cảnh sát trưởng Quốc gia Philippines Alan Purisima và cựu giám đốc Lực lượng Đặc nhiệm Getulio Napenas.
Theo bà Morales, cuộc điều tra cho thấy cựu Tổng thống Aquino đã biết rằng Purisima đã bị đình chỉ công tác trong khi chờ điều tra liên quan đến một vụ tham ô. Thế nhưng, ông Aquino vẫn cho phép Purisima tham gia vào kế hoạch thực hiện cuộc đột kích Mamasapano.
Bà Morales phân tích: "Chắc chắn là khi một công chức đang bị đình chỉ công tác thì không được thực hiện bất kỳ hoạt động công vụ nào cũng như can thiệp vào công việc của chính phủ". Do vậy, bà Morales tin rằng ông Aquino đã tác động để Purisima được tham gia vào vụ đột kích không đúng với tinh thần của luật pháp.
Điều không may là kế hoạch tấn công khủng bố đã thất bại nặng nề. Bà Morales tiết lộ các tin nhắn văn bản giữa Aquino và Purisima cho thấy viên cựu Cảnh sát trưởng đã đóng một vai trò quan trọng trong thất bại của vụ đột kích khủng bố đồng thời cũng chỉ ra trách nhiệm của ông Aquino.
Khi quy trách nhiệm cụ thể thì ông Purisima phải chịu với tư cách chỉ huy lực lượng cảnh sát và khi quy trách nhiệm cao hơn thì cựu Tổng thống Aquino chịu liên can vì ông đã dùng người sai luật với Purisima.
Phản ứng với lời cáo buộc, ông Aquino nói ông không trực tiếp tham gia vào việc lập kế hoạch và thực hiện vụ đột kích. Ông Aquino cho biết chỉ được thông báo sơ bộ về kế hoạch và theo trách nhiệm khi ấy, nó được phép thực hiện mà không cần phải có ý kiến của ông. Abigail Valte - người phát ngôn của cựu Tổng thống, nói rằng ông Aquino đã liên lạc với luật sư của mình để đối phó với lời cáo buộc.
Cựu Tổng thống Aquino tại nhiệm từ năm 2010 đến năm 2016, được đánh giá là người khôi phục lại sự ổn định về chính trị và kinh tế ở Philippines đồng thời ký được thoả thuận hoà bình nhằm chấm dứt cuộc nổi dậy đòi ly khai của người Hồi giáo kéo dài hàng thập niên. Ông cũng là người có chính sách cứng rắn với Trung Quốc trong vấn đề Biển Đông. Tuy nhiên, sau khi ông Aquino mãn nhiệm và chính quyền Duterte lên thay thì một số chính sách lớn bị đảo ngược.