Cơ quan Cảnh sát điều tra (C03) Bộ Công an đã có Kết luận điều tra vụ án "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản; Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước, gây thất thoát, lãng phí; Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi xảy ra tại Công ty CP Tập đoàn Yên Khánh, Tổng Công ty Cửu Long, Công ty Licogi 13 và các đơn vị liên quan.
Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đề nghị Viện KSND tối cao truy tố 20 bị can, trong đó, có, bị can Đinh La Thăng (nguyên Bộ trưởng Bộ GTVT) và Nguyễn Hồng Trường (cựu Thứ trưởng Bộ GTVT).
Theo Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an, trong vụ án này, bị can Nguyễn Hồng Trường với vai trò là Thứ trưởng Bộ GTVT, Chủ tịch Hội đồng đấu giá quyền thu phí tuyến đường cao tốc TP.HCM -Trung Lương, đã ký 3 văn bản gửi Bộ Tài chính để xin ý kiến về Đề án bán đấu giá quyền thu phí.
Trong đó, ký quyết định phê duyệt giá khởi điểm bán đấu giá quyền thu phí nhưng không thông qua Hội đồng xác định giá hoặc thuê tổ chức thẩm định giá; Ký quyết định về việc ban hành quy chế bán đấu giá quyền thu phí cao tốc TP.HCM -Trung Lương, trong đó cho phép Hội đồng bán đấu giá chỉ định khi chỉ có 1 người tham gia đấu giá và trả giá bằng giá khởi điểm; Ký văn bản thông báo Công ty Yên Khánh và Công ty Khánh An đủ điều kiện tham gia đấu giá quyền thu phí cao tốc TP.HCM -Trung Lương, khi chưa thông qua ý kiến của các thành viên Hội đồng bán đấu giá để xem xét quyết định.
Bị can Nguyễn Hồng Trường cũng ký quyết định phê duyệt cho Công ty Yên Khánh trúng đấu giá, trong khi chỉ có 1 đơn vị là Công ty Yên Khánh tham gia đấu giá tài sản Nhà nước.
Ông Đinh La Thăng, Út "trọc", Nguyễn Hồng Trường.
Khi Công ty Yên Khánh không thực hiện thanh toán đúng hạn như cam kết trong hợp đồng mua bán quyền thu phí, trên cơ sở báo cáo của Tổng Công ty Cửu Long và tham mưu của bị can Nguyễn Chí Thanh (nguyên Phó Vụ trưởng Vụ Tài chính Bộ GTVT) và bị can Lê Trung Cường (nguyên Tổ viên Tổ thường trực giúp việc cho Hội đồng bán đấu giá), bị can Nguyễn Hồng Trường đã ký 9 văn bản, chủ trì một cuộc họp chỉ đạo Tổng Công ty Cửu Long tiếp tục đôn đốc Công ty Yên Khánh trả tiền mà không chỉ đạo đình chỉ giao quyền thu phí, chấm dứt hợp đồng là trái với các quy định.
Theo Cơ quan điều tra, hành vi của cựu Thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường đã cấu thành tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí theo quy định tại khoản 3 điều 219 Bộ LHS (có khung hình phạt từ 10 đến 20 năm tù) với vai trò đồng phạm.
Người được xác định có vai trò chủ mưu, cầm đầu trong vụ án này là ông Đinh La Thăng.
Tuy nhiên, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an xác định, "trong quá trình điều tra bị can Nguyễn Hồng Trường đã thành khẩn khai nhận hành vi phạm tội, hợp tác với cơ quan điều tra. Quá trình công tác có nhiều thành tích được tặng thưởng nhiều Huân, Huy chương, Bằng khen, gia đình có công với cách mạng.
Do đó trong quá trình truy tố, xét xử, cơ quan điều tra đề nghị xem xét các tình tiết giảm nhẹ khi lượng hình phạt với bị can Nguyễn Hồng Trường".
Trong bản kết luận điều tra cũng nêu rõ, bị can Nguyễn Hồng Trường bị bắt tạm giam từ ngày 14/8/2020. Hiện bị can đang tạm giam tại Trại tạm giam T16, Bộ Công an
Giữa năm 2019, ông Nguyễn Hồng Trường bị Ban Bí thư kỷ luật cách chức Ủy viên Ban cán sự đảng Bộ Giao thông Vận tải nhiệm kỳ 2011-2016 và 2016-2021.
Sau đó, Thủ tướng quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức xóa tư cách nguyên thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải giai đoạn 2011 - 2015 và 2016 - 2017 với ông Nguyễn Hồng Trường do đã có vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng trong công tác, và Ban Bí thư đã thi hành kỷ luật về Đảng.
Theo kết luận của Ủy ban Kiểm tra trung ương tại kỳ họp thứ 35, Ban cán sự đảng Bộ Giao thông vận tải đã vi phạm nghiêm trọng nguyên tắc tập trung dân chủ và quy chế làm việc; thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, thiếu kiểm tra, để xảy ra nhiều vi phạm, khuyết điểm trong thực hiện cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại một số doanh nghiệp thuộc Bộ Giao thông vận tải.
Ông Trường chịu trách nhiệm cá nhân về ký các quyết định phê duyệt giá trị doanh nghiệp, phương án cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại nhiều doanh nghiệp, đơn vị thuộc Bộ Giao thông vận tải, đề nghị Thủ tướng Chính phủ phê duyệt phương án cổ phần hóa, cho cổ phần hóa... không đúng thẩm quyền, vi phạm các quy định của pháp luật về cổ phần hóa, quản lý vốn tại các doanh nghiệp; đồng ý cho Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam thực hiện một số hoạt động không đúng với quy định của Luật doanh nghiệp năm 2013 và các quy định của Chính phủ; thiếu kiểm tra, để các doanh nghiệp được phân công phụ trách vi phạm, khuyết điểm gây thất thoát tài sản của Nhà nước.