Theo hồ sơ, năm 2009, Cty CP Licogi 13 góp 5,1 tỷ đồng tức 51% cổ phần để thành lập Cty CP Licogi 13 - Xây dựng và Kỹ thuật công trình (Licogi 13 E&C). Trong các năm sau, Licogi 13 ký hợp đồng để Licogi 13 E&C thi công Tòa nhà trụ sở văn phòng tại số 164 Khuất Duy Tiến (Hà Nội) và một số hạng mục tại nhà máy xi măng Bút Sơn, thủy điện Bản Chát, thủy điện Sông Tranh 2. Khi thi công xong, phía Licogi 13 E&C cho rằng Licogi 13 không thanh toán đầy đủ cho mình nên đã khởi kiện. Trong vai trò bị đơn, Licogi 13 phản tố, nói đã thanh toán thừa cho Công ty con.
Tháng 7 vừa qua, TAND quận Thanh Xuân (Hà Nội) đưa vụ tranh chấp nghĩa vụ thanh toán hợp đồng giữa 2 bên ra xét xử và tuyên buộc Licogi 13 phải trả cho Licogi E&C hơn 43 tỷ đồng gồm hơn 37,6 tỷ đồng tiền gốc và 5,5 tỷ đồng tiền lãi. Tòa án cũng chấp nhận một phần yêu cầu phản tố, tuyên buộc Licogi 13 E&C phải thanh toán cho Licogi 13 hơn 836 triệu đồng. Những số tiền này được xem xét theo các hợp đồng giữa 2 bên để thi công tòa nhà Licogi 13, xi măng Bút Sơn, thủy điện Bản Chát. Riêng hợp đồng tại Sông Tranh 2, do công trình này chưa quyết toán nên HĐXX không xem xét và giành quyền khởi kiện cho Licogi 13 trong một vụ án khác.
Hiện tại, Licogi 13 cho biết đã nộp đơn kháng cáo vì cho rằng bản án sơ thẩm trên không khách quan và TAND quận Thanh Xuân vi phạm nghiêm trọng các thủ tục tố tụng. Đáng chú ý, tại phiên sơ thẩm, Licogi 13 cho rằng giám đốc của Licogi E&C đã bị bãi miễn và đưa ra biên bản họp của các cổ đông lớn về việc bãi bỏ tư cách Hội đồng quản trị (HĐQT) của Licogi 13 E&C. Việc này nhằm tước quyền khởi kiện của những cá nhân vẫn đại diện cho nguyên đơn này tại tòa….
Ngày 17/10 vừa qua, Licogi 13 E&C tổ chức đại hội cổ đông bất thường và ra nghị quyết lấy 3 người khác lập HĐQT mới. Tuy nhiên, một nhóm cổ đông thiểu số của Licogi 13 E&C lại kiện, yêu cầu tòa án hủy quyết định này. Được biết đơn yêu cầu giải quyết việc dân sự này của họ cũng đã được tòa án thụ lý.