Theo đó, sau khi phát hiện dấu hiệu vi phạm , Uỷ ban Kiểm tra (UBKT) Tỉnh uỷ Ninh Bình đã tiến hành kiểm tra đối với ông Nguyễn Như Bằng, Chủ tịch UBND xã Ninh Nhất, thành phố Ninh Bình, tỉnh Ninh Bình.
Theo kết luận của UBKT Tỉnh ủy Ninh Bình, với trách nhiệm là Bí thư Đảng uỷ xã Ninh Nhất (thời điểm năm 2009), là thành viên được tham gia trong việc xét duyệt phương án bồi thường, hỗ trợ giải phóng mặt bằng (GPMB) và hỗ trợ tái định cư (TĐC) dự án đường 477 đoạn qua xã Ninh Nhất, ông Nguyễn Như Bằng đã lập hồ sơ, khai khống để bản thân và họ hàng nhận đền bù sai quy định với số tiền hơn 120 triệu đồng và 2 lô đất TĐC với diện tích 204,8 m2.
Ngoài ra, ông Bằng và gia đình còn nhận giao khoán đất 5% của xã nhưng sau đó cho xây móng nhà, tường bao, để gia đình lấn chiếm đất công rồi hợp pháp hoá (làm sổ đỏ) diện tích 110,8 m2 tại thôn Thượng Nam, sau đó chuyển nhượng cho người khác...
Căn cứ các sai phạm trên, UBKT Tỉnh uỷ Ninh Bình đã đưa ra hình thức xử lý đối với ông Nguyễn Như Bằng là kỷ luật cảnh cáo về Đảng, kiến nghị chính quyền xử lý trách nhiệm.
Đến ngày 18/10, Chủ tịch UBND thành phố Ninh Bình đã kỷ luật cảnh cáo về mặt chính quyền, ký quyết định thôi giữ chức vụ, cho nghỉ việc từ ngày 18/10 đối với ông Nguyễn Như Bằng.
Về tài chính, các cơ quan chức năng của tỉnh Ninh Bình cũng ra quyết định thu hồi số tiền 120 triệu đồng hỗ trợ bồi thường, TĐC trái quy định và 2 lô đất TĐC của hộ ông Nguyễn Như Bằng; thu hồi số tiền 43 triệu đồng và 1 lô đất TĐC (diện tích 154 m2) của hộ ông Nguyễn Như Sản (anh trai ông Bằng) do hỗ trợ, bồi thường trái quy định.
Liên quan đến sai phạm của ông Bằng, UBKT Tỉnh Uỷ Ninh Bình cũng xử lý kỷ luật hàng loạt cán bộ liên quan.
Cụ thể, các ông Nguyễn Văn Cao, Bí thư Đảng uỷ xã Ninh Tiến (nguyên Chủ tịch UBND xã Ninh Nhất), Đinh Phương Hồng, Phó Bí thư thường trực, Chủ tịch HĐND xã Ninh Nhất; ông Trần Minh Giang, công chức Địa chính xã Ninh Nhất cũng kỷ luật khiển trách về Đảng , kiến nghị xử lý về chính quyền.
UBKT Tỉnh ủy Ninh Bình cũng đề nghị Ban Thường vụ Thành ủy Ninh Bình khiển trách Đảng uỷ xã Ninh Nhất (nhiệm kỳ 2009-2015), đồng thời chỉ đạo kiểm điểm các tập thể, cá nhân của thành phố Ninh Bình có liên quan đến vụ việc trên.