Trước hết, lý giải về con số 95 hồ sơ ứng viên Giáo sư – Phó Giáo sư không còn trong danh sách mới đây, ông Khánh cho hay: "Những hồ sơ này không phải loại thẳng, đây chỉ là những hồ sơ có một số vấn đề chưa rõ ràng hay là bị kiện cáo hoặc là hồ sơ của những cán bộ quản lý.
Nói những ứng viên này chưa đủ tiêu chuẩn là không đúng, mà chỉ có những vấn đề chưa rõ ràng cần xác minh".
Đối với những ứng viên đang làm công tác quản lý như Bộ trưởng bộ Y tế Nguyễn Thị Kim Tiến, Chủ tịch hội đồng ngành Y khẳng định các hồ sơ của họ đều đủ tiêu chuẩn: "Hội đồng ngành sau khi xem xét hồ sơ của những ứng viên này đều thấy rằng đủ tiêu chuẩn.
Tuy nhiên, khi Thanh tra bộ GD&ĐT kiểm tra lại hồ sơ thì thấy rằng có những minh chứng chưa thật rõ ràng thì để lại để xem xét".
"Khi bỏ phiếu cho các ứng viên chúng tôi đều xem xét rất cẩn thận. Nhất là đối với Bộ trưởng Nguyễn Thị Kim Tiến càng phải thận trọng hơn, mặc dù thành tích của Bộ trưởng trong nghiên cứu khoa học đều rất tốt.
Bỏ phiếu cho Bộ trưởng không phải việc dễ dàng, số phiếu Bộ trưởng đạt được không được 100% mà chỉ vừa đủ để công nhận chức danh Giáo sư", ông Khánh nói.
Ngoài ra, nói về trường hợp ứng viên Phó Giáo sư Đặng Công Tráng - Trưởng Khoa Luật đại học Công nghiệp TP.Hồ Chí Minh tự viết đơn xin đạo văn ông Khánh khẳng định lỗi là do Hội đồng chấm Tiến sĩ đã bỏ lọt: "Đối với những trường hợp đạo văn trong luận án Tiến sĩ, các Hội đồng trong việc xét GS – PGS (Hội đồng cơ sở/ngành/Nhà nước) không thể nào phát hiện được.
Mà do việc chấm luận án của Hội đồng chấm Tiến sĩ trước đó đã không xem xét kỹ".
"Việc này cần được chấn chỉnh trong những đợt tiếp theo, không thể để những cá nhân như vậy làm ảnh hưởng tới những người làm khoa học thật sự", ông Khánh nêu quan điểm.