Filip Nguyễn có bố là người Việt, quê tại Hải Phòng, còn mẹ anh là người Czech. Tuy nhiên dù việc xin quốc tịch Việt Nam đã được gia đình Filip Nguyễn chuẩn bị từ khá lâu nhưng đến thời điểm hiện tại mọi thứ vẫn đang gặp khó khăn. Nguyên nhân là bởi thủ môn sinh năm 1992 này không có thẻ thường trú ở Việt Nam để hoàn thiện đủ hồ sơ.

Theo quy định, điều kiện để xin nhập quốc tịch Việt Nam gồm: Có năng lực hành vi dân sự đầy đủ theo quy định của pháp luật Việt Nam; tuân thủ Hiến pháp và pháp luật Việt Nam; tôn trọng truyền thống, phong tục, tập quán của dân tộc Việt Nam; biết tiếng Việt đủ để hòa nhập vào cộng đồng Việt Nam; đã thường trú ở Việt Nam từ 5 năm trở lên tính đến thời điểm xin nhập quốc tịch Việt Nam và có khả năng bảo đảm cuộc sống tại Việt Nam.

Do Filip Nguyễn đã có bố là người Việt nên được miễn một số tiêu chí, trong đó có việc phải thường trú tại Việt Nam từ 5 năm trở lên. Tuy nhiên do cầu thủ này chưa từng về Việt Nam để cư trú ở địa phương nào nên anh không có thẻ thường trú do cơ quan công an cung cấp.

Thời gian qua, Filip Nguyễn luôn đăng tải những bức hình mình theo dõi và cổ vũ các trận đấu của ĐT Việt Nam từ Czech.

Đối với trường hợp Filip Nguyễn có thể được miễn một số thủ tục nhưng không thể miễn điều kiện phải có thẻ thường trú vì đó là quy định bắt buộc của luật. Gia đình Filip Nguyễn cũng đã đến Lãnh sự quán Việt Nam tại Czech để làm việc, nhưng theo luật thì đơn vị này không có quyền tiếp nhận và giải quyết hồ sơ xin nhập tịch.

Cũng bởi những vướng mắc ngay từ bước đầu tiên mà đến thời điểm này, Bộ Tư pháp chưa nhận được hồ sơ từ gia đình của Filip Nguyễn. Hiện tại, giải VĐQG Czech đang trong thời gian thi đấu nên rất khó để Filip Nguyễn có thể trở về Việt Nam một thời gian để lấy thẻ cư trú, bởi như thế có thể gây ảnh hưởng đến vị trí số 1 trong khung gỗ của thủ môn này tại CLB Liberec Slovan.