Sau khi nghe các đoàn kiểm tra báo cáo kết quả kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm Quy định về những điều đảng viên không được làm trong thực hiện chức trách, nhiệm vụ được giao và đề nghị xem xét, xử lý kỷ luật đối với một số tổ chức đảng và cán bộ, đảng viên có khuyết điểm, vi phạm tại Sở NN&PTNT; căn cứ nội dung, tính chất, mức độ, tác hại và nguyên nhân khuyết điểm, vi phạm; áp dụng Quy định số 102-QĐ/TW ngày 15/11/2017 của Bộ Chính trị về xử lý kỷ luật đảng viên vi phạm và Quy định số 07-QĐ/TW ngày 28/8/2018 của Bộ Chính trị về xử lý kỷ luật tổ chức đảng vi phạm, Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy quyết định thi hành kỷ luật các trường hợp vi phạm theo thẩm quyền; xem xét, đề nghị Ban Thường vụ Tỉnh ủy quyết định thi hành kỷ luật đối với tổ chức đảng và cán bộ, đảng viên thuộc diện quản lý; đồng thời chỉ đạo cấp ủy, tổ chức đảng cấp dưới xem xét, thi hành kỷ luật đối với tổ chức đảng và cán bộ, đảng viên vi phạm theo thẩm quyền.
Xét tự kiểm điểm của tổ chức đảng và cán bộ, đảng viên có khuyết điểm, vi phạm và đề nghị của các tổ chức đảng, Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy, Ban Thường vụ Tỉnh ủy quyết định: Thi hành kỷ luật bằng hình thức cảnh cáo đối với đồng chí Lê Như Tuấn, nguyên Tỉnh ủy viên, nguyên Giám đốc Sở NN&PTNT.
Ủy ban Kiểm tra Đảng ủy Khối các cơ quan tỉnh quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức cảnh cáo đối với đồng chí Nguyễn Huy Thành, Phó Bí thư Đảng ủy, Bí thư Chi bộ, Trưởng phòng Tổ chức- Cán bộ Sở NN&PTNT.
Ngày 5/7/2018, Giám đốc Sở Nội vụ Đầu Thanh Tùng đã ký văn bản số 1032/SNV-TT gửi Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa đề nghị kiểm điểm, xử lý, khắc phục việc bổ nhiệm cán bộ trái quy định xảy ra tại Sở NN &PTNT Thanh Hóa.
Theo nội dung văn bản, GĐ Sở NN&PTNT Thanh Hóa Lê Như Tuấn trước khi nghỉ hưu, đã ký bổ nhiệm 23 trường hợp trái quy định.
Nhiều lãnh đạo các phòng ban được bổ nhiệm chưa đủ tiêu chuẩn, điều kiện về bằng cấp, trình độ lý luận chính trị, công chức theo quy định của UBND tỉnh Thanh Hóa.
Trong số các trường hợp bổ nhiệm sai quy định có: Bà Lê Thị Bình, Phó Trưởng phòng Dịch hại cây lâm nghiệp thuộc Chi cục Bảo vệ thực vật, giữ chức vụ Phó Chi cục trưởng Chi cục Bảo vệ thực vật; Bà Nguyễn Thị Lan, Trưởng trạm Thú y TP Thanh Hóa, giữ chức vụ Phó Chi cục trưởng Chi cục Thú y; Ông Trịnh Văn Chất, chuyên viên Phòng trồng trọt, giữ chức vụ Phó Trưởng phòng trồng trọt Sở NN&PTNT Thanh Hóa; Ông Nguyễn Văn Tâm, chuyên viên Phòng trồng trọt, giữ chức Phó Chi cục trưởng Chi cục Bảo vệ thực vật.
Tại văn bản này, Sở Nội vụ nêu rõ báo cáo với Ban Thường vụ Tỉnh ủy xem xét, chỉ đạo thực hiện việc kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với ông Lê Như Tuấn, nguyên Giám đốc Sở NNPT&NT, và các Phó giám đốc về việc bổ nhiệm cán bộ sai quy định.
Trước đó, các cơ quan báo chí đã phản ánh việc GĐ Sở NN &PTNT Thanh Hóa bổ nhiệm sai phạm 23 nhân sự trước khi về hưu của ông Lê Như Tuấn, tạo ra dư luận tiêu cực.
Ngay sau đó Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa Nguyễn Đình Xứng đã có văn bản "hỏa tốc" yêu cầu giám đốc Sở Nội vụ vào cuộc xác minh và khẳng định có 4 trường hợp bổ nhiệm sai, không đúng quy định.
Chủ tịch tỉnh Thanh Hóa đã yêu cầu thu hồi các quyết định bổ nhiệm sai, đồng thời yêu cầu Sở NN&PTNT Thanh Hóa kiểm điểm, xử lý trách nhiệm tập thể, cá nhân liên quan.
Chấp hành ý kiến chỉ đạo của Chủ tịch tỉnh, Sở NN&PTNT Thanh Hóa đã ban hành quyết định thu hồi, hủy bỏ 4 quyết định bổ nhiệm sai lãnh đạo các phòng, ban; kỷ luật cảnh cáo Trưởng phòng tổ chức cán bộ Nguyễn Huy Thành; kiểm điểm, phê bình nghiêm khắc nhiều tập thể, cá nhân liên quan; nghiêm túc kiểm điểm, rút kinh nghiệm sâu sắc đối với ông Mai Nhữ Thắng, Phó giám đốc - Bí thư Đảng ủy Sở NN&PTNT.
Đối với 4 trường hợp lãnh đạo bổ nhiệm sai phạm, Sở NN&PTNT thống nhất trả lại vị trí ban đầu của các nhân sự trên. Riêng trường hợp của bà Nguyễn Thị Lan, do vị trí cũ đã có người tiếp quản, nên còn chờ sự phân công.