Theo đó, để triển khai thanh toán điện tử trong phối hợp thu Ngân sách đạt hiệu quả tốt, NHNN yêu cầu các ngân hàng rà soát, hoàn chỉnh cơ chế, chính sách và quy trình nghiệp vụ, thủ tục thực hiện thanh toán điện tử đối với các khoản thu, nộp thuế, phí và lệ phí, đảm bảo để thông tin về hồ sơ, chứng từ, số tiền nộp thuế của khách hàng được luân chuyển thông suốt từ ngân hàng đến các cơ quan Thuế, Hải quan, Kho bạc Nhà nước;đồng thời, tuân thủ các quy định của pháp luật hiện hành về thanh toán và xác định rõ trách nhiệm của các bên đối với từng khâu trong quy trình thanh toán thu, nộp thuế, phí và lệ phí của khách hàng.
Chỉ đạo từ trụ sở chính đến các chi nhánh, đơn vị trực thuộc phải thường xuyên phối hợp chặt chẽ với các cơ quan Hải quan, Thuế, Kho bạc Nhà nước trên địa bàn để cập nhật kịp thời và truyền đầy đủ, chính xác các thông tin trên chứng từ nộp thuế, phí và lệ phí của khách hàng theo đúng quy định.
Trường hợp do nguyên nhân khách quan, lỗi phần mềm hoặc hệ thống đường truyền dữ liệu có sự cố dẫn đến lệnh thanh toán của khách hàng mặc dù đã được thực hiện nhưng chưa được cơ quan Hải quan, Thuế, Kho bạc Nhà nước ghi nhận trừ nợ thuế; ngân hàng phải kiểm tra, xác định nguyên nhân và giải thích cho khách hàng rõ lý do; đồng thời, phối hợp với các cơ quan trên để tra soát, điều chỉnh sai sót và có biện pháp xử lý phù hợp, kịp thời.
Chỉ đạo từ trụ sở chính đến các chi nhánh, đơn vị trực thuộc phải thường xuyên phối hợp chặt chẽ với các cơ quan Hải quan, Thuế, Kho bạc Nhà nước trên địa bàn để cập nhật kịp thời và truyền đầy đủ, chính xác các thông tin trên chứng từ nộp thuế, phí và lệ phí của khách hàng theo đúng quy định.
Trường hợp do nguyên nhân khách quan, lỗi phần mềm hoặc hệ thống đường truyền dữ liệu có sự cố dẫn đến lệnh thanh toán của khách hàng mặc dù đã được thực hiện nhưng chưa được cơ quan Hải quan, Thuế, Kho bạc Nhà nước ghi nhận trừ nợ thuế; ngân hàng phải kiểm tra, xác định nguyên nhân và giải thích cho khách hàng rõ lý do; đồng thời, phối hợp với các cơ quan trên để tra soát, điều chỉnh sai sót và có biện pháp xử lý phù hợp, kịp thời.
Ngân hàng Nhà nước cũng yêu cầu các ngân hàng phối hợp chặt chẽ với cơ quan Hải quan, Thuế và Kho bạc Nhà nước để thiết kế biểu mẫu về chứng từ thanh toán tiền thuế, phí và lệ phí theo hướng ứng dụng chứng từ điện tử và tận dụng tối đa các cơ sở dữ liệu sẵn có để đơn giản hóa thủ tục thanh toán, chuyển tiền cho khách hàng.
Hướng dẫn và phổ biến đầy đủ, kịp thời cho khách hàng hiểu về các dịch vụ thu, nộp thuế, phí và lệ phí theo phương thức điện tử; thiết lập bộ phận hỗ trợ khách hàng để tiếp nhận và giải đáp kịp thời các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện.
Ngoài ra, các ngân hàng phải chủ động kiểm tra để đảm bảo các điều kiện về hạ tầng kỹ thuật, chương trình phần mềm triển khai thanh toán điện tử đối với các khoản thu, nộp thuế, phí và lệ phí.
Chỉ triển khai phối hợp thu sau khi đã sẵn sàng về mặt kỹ thuật và thống nhất với cơ quan Hải quan, Thuế, Kho bạc Nhà nước về trách nhiệm giữa các bên trong quy trình thực hiện, trao đổi thông tin, dữ liệu nộp thuế, phí và lệ phí của khách hàng; tránh trường hợp ngân hàng phải chịu hoàn toàn trách nhiệm do thiếu sự thống nhất về quy trình nghiệp vụ, chương trình phần mềm và hệ thống trao đổi thông tin nộp thuế giữa ngân hàng và cơ quan Hải quan, Thuế, Kho bạc Nhà nước gây chậm trễ trong khâu thanh toán và dư luận không tốt về chất lượng dịch vụ thanh toán, ảnh hưởng đến hiệu quả và mục tiêu chung về phối hợp thu Ngân sách Nhà nước.