Sau khi chia tay Ngân hàng Đông Á, mùa giải 2004, Lê Huỳnh Đức đầu quân cho CLB bóng đá Đà Nẵng. Gắn bó cùng đội bóng 4 năm, đầu mùa giải 2008, trong giai đoạn chuyển giao cho Ngân hàng SHB, trang sử mới mở ra với cựu tuyển thủ quốc gia này.
Dẫn dắt SHB Đà Nẵng 2008: Sau 3 vòng đấu đầu tiên với tên gọi mới là SHB Đà Nẵng ở V-League 2008, Lê Huỳnh Đức được chỉ định thay thế HLV Phan Thanh Hùng chèo lái đội chủ sân Chi Lăng. Đó là thời điểm mà SHB Đà Nẵng gặp khó khăn trong thời kỳ đầu chuyển giao khi thất bại liên tiếp 3 trận đấu đầu tiên. Ngay mùa đầu dẫn dắt, HLV Lê Huỳnh Đức giúp đội bóng cán đích ở vị trí thứ 4.
Vô địch V-League 2009: Một năm sau, với sự đầu tư chất lượng từ các ngoại binh cùng nền tảng từ lứa cầu thủ “cây nhà lá vườn”, SHB Đà Nẵng chuyển mình mạnh mẽ để lần đầu tiên giành chức vô địch V-League. Họ bỏ xa hai đội xếp sau là B.Bình Dương và SLNA tới 7 điểm. Cũng ở mùa giải này, SHB Đà Nẵng ẵm luôn danh hiệu Cúp QG còn chân sút Gaston Merlo đoạt danh hiệu Vua phá lưới.
Lọt vào tứ kết AFC Cup 2010: Sau khi giành chức vô địch V-League 2009, lần đầu tiên, SHB Đà Nẵng được tham dự sân chơi cấp châu lục. Thật bất ngờ khi đội bóng bên bờ sông Hàn lọt đến tứ kết và chỉ chịu dừng chân trước Al Riffa (Bahrain).
Vô địch V-League 2012: Sau những chiến tích vang dội ở 2 mùa giải liên tiếp, đến mùa giải 2012, SHB Đà Nẵng lần thứ 2 nâng cao chức vô địch V-League đầy nghẹt thở. Trước vòng đấu cuối, Sài Gòn Xuân Thành mới là đội nắm quyền tự quyết nhưng họ đã bị Hà Nội T&T cầm chân. Tận dụng thời cơ, SHB Đà Nẵng đánh bại Vissai Ninh Bình để bước lên bục cao nhất.
5 mùa giải trắng tay: Đó cũng là chức vô địch cuối cùng mà HLV Huỳnh Đức giành được tính đến thời điểm hiện tại. 5 mùa giải sau đó, SHB Đà Nẵng rơi vào tình cảnh trắng tay. Thậm chí, ở V-League 2015, họ có khởi đầu tệ hại khi chỉ giành 1 điểm sau 5 vòng đấu. Dẫu vậy, chiếc ghế của HLV Huỳnh Đức vẫn an toàn. 2 mùa giải sau đó, với kết quả khá bết bát, cựu tuyển thủ QG này đã đề đạt nguyện vọng xin nghỉ lên nhà tài trợ và BLĐ đội bóng.