Theo đó, ở hạng mục xếp hạng toàn giải, CLB Hà Nội T&T giành ngôi vô địch và 3.000.000.000đ tiền thưởng với 50 điểm và hơn CLB Hải Phòng hiệu số bàn thắng.
Các giải tiếp theo lần lượt thuộc về CLB Hải Phòng huy chương bạc và 1.500.000.000đ tiền thưởng; CLB SHB Đà Nẵng huy chương đồng và 750.000.000đ tiền thưởng với 49 điểm.
Trong số 12 giải thưởng bình chọn của mùa giải thì ở hạng mục "Đội hình tiêu biểu năm 2016" cùng với số tiền thưởng là 10 triệu đồng/ cầu thủ, các vị trí cụ thể:
- Thủ môn: Huỳnh Tuấn Linh (số 26, Than Quảng Ninh)
- Hậu vệ trái: Sầm Ngọc Đức (số 7, Hà Nội T&T)
- Hậu vệ phải: Trần Văn Vũ (số 4, Sanna Khánh Hòa BVN)
- Trung vệ: Lê Văn Phú (số 18, Hải Phòng)
- Trung vệ: Quế Ngọc Hải (số 45, Sông Lam Nghệ An)
- Tiền vệ trái: Đinh Thanh Trung (số 7, QNK Quảng Nam)
- Tiền vệ phải: Nghiêm Xuân Tú ( số 77, Than Quảng Ninh)
- Tiền vệ trung tâm: Pape Omar Faye (số 29, FLC Thanh Hóa)
- Tiền vệ trung tâm: Lê Văn Thắng (số 8, Hải Phòng)
- Tiền đạo: Merlo Sebastian Gaston (số 19, SHB Đà Nẵng)
- Tiền đạo: Uche Iheruome (sô 77, Sanna Khánh Hòa BVN).
Ở hạng mục "Cầu thủ xuất sắc nhất CLB" (5 triệu đồng tiền thưởng/cầu thủ) do chính CLB bầu chọn và đã xác định các gương mặt cụ thể như sau:
Lê Tấn Tài (14, Becamex Bình Dương), Bạch Đăng Khoa (8, Đồng Tháp), Pape Omar Faye (29, FLC Thanh Hóa), Phạm Thành Lương (11, Hà Nội T&T), Andre Diego Fagan (9, Hải Phòng), Nguyễn Văn Toàn (9, Hoàng Anh Gia Lai), Nguyễn Tài Lộc (17, Long An), Đinh Thanh Trung (7, QNK Quảng Nam), Đỗ Văn Thuận (14, Sài Gòn), Nguyễn Tấn Điền (39, Sanna Khánh Hòa BVN), Merlo Sebastian Gaston (19, SHB Đà Nẵng), Trần Nguyên Mạnh (1, Sông Lam Nghệ An), Nghiêm Xuân Tú (77, Than Quảng Ninh), Nguyễn Hiếu Trung Anh (32, XSKT Cần Thơ).
Giải thưởng "BTC trận đấu tốt nhất" dựa vào báo cáo của Giám sát trận đấu (GSTĐ) đánh giá, nhận xét về công tác tổ chức trận đấu cùng với thống kê của bộ phận chuyên môn của BTC giải.
Qua đó, BTC tiếp tục bầu 1 trong 3 BTC trận đấu nói trên. Và kết quả đã thuộc về CLB Than Quảng Ninh giành được danh hiệu "BTC trận đấu tốt nhất" cùng với 20 triệu đồng tiền thưởng.
Ngoài ra, CLB Than Quảng Ninh cũng giành được danh hiệu "CLB có mặt sân thi đấu tốt nhất" và 20 triệu đồng tiền thưởng từ BTC.
Giải thưởng "CLB đào tạo trẻ tốt nhất" sẽ được bộ phận chuyên môn thống kê các CLB tham gia và đoạt thành tích cao tại giải trẻ do VFF tổ chức; số cầu thủ trẻ (U21) của CLB được thi đấu thường xuyên và có đóng góp vào thành tích của CLB cũng như được góp mặt, thi đấu trong đội tuyển trẻ QG, đội tuyển QG. Ở giải thưởng này thuộc về CLB Hoàng Anh Gia Lai và 20 triệu đồng tiền thưởng.
Với ngôi vô địch của Hà Nội T&T giành được ở mùa giải 2016 thì HLV Chu Đình Nghiêm xứng đáng giành danh hiệu "HLV xuất sắc nhất" và 20 triệu đồng tiền thưởng. Danh hiệu này được sự tín nhiệm và bầu chọn của HLV trưởng các CLB, Chủ tịch Hội đồng HLV quốc gia, Trưởng BTC giải.
Tiền đạo Gaston Merlo của SHB Đà Nẵng đã sở hữu danh hiệu Vua phá lưới sau khi nâng tổng số pha lập công của mình tại V.League 2016 lên tổng số 24 bàn. Thêm 1 lần nữa nhận giải thưởng cá nhân này, chân sút của SHB Đà Nẵng sẽ nâng số lần nhận giải Vua phá lưới lên con số 4.
Trước đó, Merlo từng được tôn vinh vào các năm 2009, 2010 và 2011. Ngoài danh hiệu "Cầu thủ ghi nhiều bàn thắng nhất" ở Toyota V.League 2016, Gaston Merlo giành được danh hiệu "Cầu thủ xuất sắc nhất". Với cú đúp danh hiệu này, Gaston Merlo giành được tổng số 40 triệu đồng tiền thưởng từ BTC giải.
Ở hạng mục giải thưởng "Cầu thủ trẻ xuất sắc nhất", tiền vệ Vũ Văn Thanh (số 17, Hoàng Anh Gia Lai) được tôn vinh khi xuất sắc vượt qua tiền đạo Nguyễn Quang Hải (HN.T&T) và tiền đạo Hồ Tuấn Tài (SLNA).
Vũ Văn Thanh là cầu thủ khá đa năng trong sơ đồ chiến thuật của HLV Nguyễn Quốc Tuấn khi thi đấu ở 5 vị trí gồm hậu vệ, tiền vệ biên trái, phài và 6 trận cuối mùa tiền vệ gốc Hải Dương được sử dụng ở vị trí tiền đạo.
"Bàn thắng đẹp nhất giải" đã thuộc về cầu thủ Phạm Thành Lương (11, Hà Nội T&T) được ghi ở phút 87 giữa Hà Nội T&T - SHB Đà Nẵng tại vòng 8 Toyota V.League 2016.
Và cuối cùng, danh hiệu được chờ đợi nhất đó là "Hội CĐV hoạt động tốt nhất" đã thuộc về Hội CĐV CLB FLC Thanh Hóa. Bằng nỗ lực của mình, Hội CĐV CLB FLC Thanh Hóa đã cố gắng cổ vũ đúng theo quy định của BTC giải ở sân nhà cũng như sân khách.
Điểm ấn tượng của CĐV Thanh Hóa năm nay chính là lượng CĐV hùng hậu và sự cổ vũ nhiệt tình của các bạn CĐV Thanh Hóa trên sân khách, đặc biệt là các trận đấu trên sân Bình Dương, sân Thống Nhất..., mỗi trận đã có khoảng 10.000 CĐV. Qua đó, Hội CĐV Thanh Hóa cổ vũ đúng tinh thần fair-play và tuân thủ quy định của BTC.
Riêng mùa giải 2016, Hội CĐV CLB FLC Thanh Hóa đã giành 3 danh hiệu Hội CĐV xuất sắc nhất tháng. Danh hiệu này, BTC giải cũng dựa trên các tiêu chí tổng hợp phát triển Hội CĐV trên diện rộng và công tác quản lý Hội, 9 thành viên của BTC giải,...
Một trong những hạng mục được chốt cuối cùng ở mùa giải 2016 đó là Giải thưởng cho trọng tài và trợ lý trọng tài.
Mỗi vị trí sẽ có 3 ứng cử viên ở hạng mục "Trọng tài xuất sắc nhất" và "Trợ lý trọng tài xuất sắc nhất". Kết quả, trọng tài Nguyễn Ngọc Châu (Bình Dương, sinh 1979) đã giành danh hiệu "Trọng tài xuất sắc nhất" với 11/11 phiếu, xếp trên trọng tài Ngô Duy Lân (Long An, sinh 1984, được 5/11 phiếu) và trọng tài Nguyễn Văn Kiên (Thanh Hóa, sinh 1979).
Ở cuộc bầu chọn dành cho danh hiệu "Trợ lý trọng tài xuất sắc nhất" đã thuộc về trọng tài Nguyễn Trường Xuân, với số phiếu bầu là 6/11, hơn trợ lý trọng tài Phạm Mạnh Long đúng 1 phiếu (5/11). Chủ nhân của danh hiệu trên nhận phần thưởng 30 triệu đồng và 20 triệu đồng.
Các danh hiệu cuối mùa giải nêu trên được VPF vinh danh cho các cá nhân, tập thể được VPF trao tại chương trình Gala - Tổng kết các giải bóng đá chuyên nghiệp quốc gia 2016 tại TPHCM vào chiều 1/10.