Văn Quyết nhận tổng cộng 4 thẻ đỏ trong suốt sự nghiệp 12 năm thi đấu ở V-League. Có 2 lần tiền đạo này bị phạt vì lỗi phản ứng với trọng tài. Lần đầu tiên xảy ra ở mùa giải 2016 khiến Văn Quyết nhận án phạt nặng.
Trong trận đấu giữa Hà Nội FC và CLB Khánh Hoà tại vòng 4 V-League 2016, Văn Quyết sút bóng trúng hậu vệ đối phương ở phút bù giờ của hiệp 2. Cho rằng bóng chạm tay cầu thủ Khánh Hoà, đội bóng Thủ đô phản ứng quyết liệt, muốn trọng tài chính Hoàng Phạm Công Khanh thổi phạt đội chủ nhà Khánh Hoà.
Trọng tài chính không thổi phạt và di chuyển đến khu vực giữa sân thì bị Văn Quyết đẩy ngã. Ngay lập tức, ông Hoàng Phạm Công Khanh rút thẻ đỏ đuổi tiền đạo sinh năm 1991.
Vì hành động này, Nguyễn Văn Quyết bị gạch tên khỏi đội tuyển Việt Nam. Liên đoàn bóng đá Việt Nam (VFF) xác định Văn Quyết tạo ra hình ảnh không tốt trên sân cỏ. Trước đó, cầu thủ này có tên trong danh sách tập trung của đội tuyển.
Đồng thời, Ban Kỷ luật VFF ra án phạt cấm thi đấu 5 trận với cầu thủ của Hà Nội FC - án phạt nặng theo quy định về kỷ luật ở thời điểm đó.
Văn Quyết đối diện án phạt nặng.
7 năm sau, Văn Quyết lại vướng vào tranh cãi bởi phản ứng với trọng tài. Anh bị ông Nguyễn Mạnh Hải rút thẻ đỏ vì phản ứng quá giới hạn cho phép với trợ lý trọng tài Nguyễn Lê Nguyên Thành. Sau trận đấu giữa CLB Bình Định và Hà Nội FC, Văn Quyết có phản ứng với tổ trọng tài và anh được cho là có hành vi không phù hợp với những người "cầm cân nảy mực".
Hiện nay, mới chỉ có báo cáo của VPF ghi nhận việc phản ứng của Văn Quyết với các trọng tài. Các nhà tổ chức giải đấu sẽ phải thu thập hồ sơ rồi mới gửi sang Ban Kỷ luật. Nếu bị xác định có hành vi xâm phạm thân thể với quan chức trận đấu, Văn Quyết đối diện án treo giò từ 2-5 trận và số tiền phạt tối đa là 30 triệu đồng.
Kể cả khi không có hành vi xâm phạm thân thể trọng tài Nguyên Thành, Văn Quyết vẫn có nguy cơ nhận án phạt bổ sung khi có phản ứng không đúng mực với trọng tài. Cách đây 2 mùa giải, khi thủ môn Nguyễn Thanh Thắng bị trợ lý Nguyễn Lê Nguyên Thành tố gây thương tích, dù không xác định được hành vi này, Ban Kỷ luật VFF vẫn cấm Thanh Thắng thi đấu 3 trận vì phản ứng quá giới hạn với trọng tài.
