Ngày 22/9/2016, Tuấn Anh có lần thứ 2 được đá chính trong màu áo Yokohama FC khi đội bóng này chạm trán Nagano Parceiro ở vòng ba Cup Hoàng đế Nhật Bản. Đây là trận đấu mà tiền vệ Việt Nam đã chơi rất ấn tượng khi anh không chỉ đá trọn 120 phút mà còn góp công vào 2 bàn thắng.
Phút 67, Tuấn Anh là người mang về cho Yokohama quả đá phạt đền, tạo cơ hội cho Ibba Laajab gỡ hoà 2-2. Đến phút 101, Tuấn Anh bật cao đánh đầu chéo góc, hạ gục thủ môn của Nagano Parceiro, ấn định chiến thắng 3-2 cho Yokohama FC.