Mùa giải 2016/2017, Rooney đã không còn là sự lựa chọn tối ưu trên hàng công của MU khi đã ở tuổi 32. Tuy nhiên trong những lần ra sân, anh vẫn thể hiện được khả năng của mình.

Ngày 14/5/2017, MU có chuyến làm khách đến sân White Hart Lane của Tottenham. Do khi đó MU đang tập trung cho đấu trường Europa League nên HLV Mourinho đã quyết định cất đi một số trụ cột. Rooney được tin tưởng đá chính.

Tottenham với tham vọng chiến thắng để củng cố vị trí trong top 4 đã chơi rất tốt và sớm dẫn trước 2-0 nhờ các pha ghi bàn của Wanyama và Harry Kane. Sau đó MU đã nỗ lực nhưng cũng chỉ ghi được 1 bàn gỡ, đó là tình huống lập công của Wayne Rooney.

Dù không thể giúp MU có điểm hôm ấy nhưng bàn thắng đó có ý nghĩa quan trọng với Rooney khi đó là tình huống cuối cùng cầu thủ sinh năm 1985 lập công trong màu áo Quỷ đỏ. Sau trận đấu ngày 14/5/2017, Rooney còn chơi 3 trận nữa cho MU nhưng không ghi thêm được bàn thắng nào.

Kết thúc mùa giải 2016/2017, Rooney trở về khoác áo đội bóng cũ Everton rồi sau đó sang Mỹ chơi cho DC United trước khi giải nghệ và trở thành HLV của Derby County hồi năm ngoái.

Trong 13 mùa giải gắn bó với MU, Rooney ra sân tổng cộng 559 trận và ghi được 253 bàn thắng. Tính riêng ở Ngoại hạng Anh, Rooney có 183 bàn thắng cho MU sau 393 trận./.