Giải vô địch các CLB Đông Nam Á 2024/25 sẽ có 12 CLB dự vòng chung kết, trong đó có 10 CLB được vào thẳng thuộc các quốc gia Indonesia (2 đại diện), Malaysia (2 đại diện), Thái Lan (2 đại diện), Việt Nam (2 đại diện), Philippines (1 đại diện), Singapore (1 đại diện) và 2 CLB chiến thắng ở vòng Play-off.

Theo nguyên tắc phân chia hạt giống, các câu lạc bộ tham gia sẽ được xếp hạt giống dựa trên số lượng câu lạc bộ được phân bổ cho các quốc gia và thứ hạng tại giải vô địch cấp câu lạc bộ AFC 2022. Câu lạc bộ tham gia từ hai quốc gia có thứ hạng cao nhất với hai Câu lạc bộ sẽ được xếp vào Nhóm 1, tiếp theo là hai quốc gia còn lại với hai câu lạc bộ được phân bổ, v.v.

Với thứ hạng của các câu lạc bộ Việt Nam tại mùa giải cấp câu lạc bộ AFC năm 2022, hai đại diện của Việt Nam gồm CLB Công An Hà Nội (đương kim vô địch V.League) và CLB Đông Á Thanh Hóa (đương kim vô địch Cúp quốc gia) được xếp vào nhóm hạt giống số 2, cùng PSM Makassar và Borneo FC Samarinda của Indonesia.

Trong khi đó, nhóm 1 gồm 4 câu lạc bộ: Buriram United và BG Pathum United; Kuala Lumpua City và Terengganu của Malaysia. Nhóm 3 gồm: CLB Kaya – Iioilo (Philippines) và CLB Lion City Sailor (Singapore), cùng hai đội thắng ở Vòng Play-Off.

Vòng Play-Off được bốc thăm thành 2 cặp đấu Young Elephant (Lào) gặp Svay Rieng (Campuchia), còn Shan United (Myanmar) gặp Kasuka (Brunei). Các đội sẽ thi đấu 2 lượt trận sân nhà - sân khách để tìm ra 2 đại diện tham dự vòng bảng.

Những lá thăm may rủi đã đưa CLB Thanh Hóa vào bảng A, nơi họ cùng bảng với cả 2 đội thắng ở vòng play-off, BG Pathum United, Terengganu và PSM Makassar. Đây được đánh giá là bảng đấu có phần dễ chịu hơn so với CLB CAHN.

Ở bảng B, đội bóng ngành Công an sẽ chạm trán Lion City Sailor, Kaya – Iioilo, Borneo FC Samarinda, Kuala Lumpua City và Buriram United.

Các đội sẽ thi đấu theo thể thức tính điểm vòng tròn lượt đi và lượt về. Hai đội bóng đứng đầu mỗi bảng sẽ giành quyền vào thi đấu trận bán kết. Các trận đấu ở bán kết và chung kết cũng sẽ thi đấu theo thể thức sân nhà, sân khách.