Sau khi không có được cơ hội ra sân thi đấu thường xuyên tại Nhật Bản trong năm 2016, bầu Đức và ban huấn luyện HAGL đã quyết định đưa Công Phượng, Tuấn Anh về nước thi đấu trong giai đoạn đầu V.League 2017 và cùng đội tuyển Việt Nam tham dự SEA Games 29 tổ chức tại Malaysia.
Trong phần còn lại của năm, Công Phượng và Tuấn Anh sẽ trở lại thi đấu cho Mito Hollyhock và Yokohama FC theo dạng chuyển nhượng cho mượn.
Chuẩn bị cho mùa giải 2017, Công Phượng cùng một số đồng đội vừa tham dự giải U21 quốc tế 2016. Dù đội hình sở hữu nhiều tuyển thủ quốc gia nhưng ở giải đấu này U21 HAGL đã trở thành cựu vương khi để thua U21 Yokohama FC ở trận bán kết. Trong trận tranh hạng 3, Công Phượng cùng các đồng đội đánh bại U21 Việt Nam với tỷ số 1-0 để đoạt HCĐ.
Ngay sau giải đấu này, Công Phượng và các đồng đội đã trở lại Gia Lai tập trung cùng đội 1 CLB HAGL chuẩn bị cho V.League 2017. Ở lượt trận mở màn V.League 2017 diễn ra vào ngày 7/1 tới, HAGL sẽ có chuyến làm khách của SHB Đà Nẵng, đây được đánh giá là trận đấu khó khăn của thầy trò HLV Nguyễn Quốc Tuấn.
Lực lượng HAGL đá V-League đa phần là cầu thủ khóa đầu tiên của học viện HAGL Arsenal JMG, cộng thêm các cầu thủ năng khiếu và 2 ngoại binh đến từ Nhật Bản là tiền vệ Ideguchi và trung vệ Mobi Fehr. Sau 2 năm đối mặt với cuộc chiến trụ hạng, các cầu thủ của HAGL giờ đã trưởng thành hơn và bầu Đức yêu cầu đội bóng phố Núi phải có được thứ hạng hơn so với hai mùa giải trước đây.
Do HAGL không tuyển thêm ngoại binh cho hàng tiền đạo, do đó Công Phượng và Văn Toàn được đánh giá sẽ là trụ cột trên hàng công của đội bóng phố Núi tại V.League 2017.
Nếu như Văn Toàn vẫn giữ được phong độ ổn định trong thời gian qua. Đây sẽ là một thách thức lớn với Công Phượng, bởi nếu tiếp tục ssa sút và tịt ngòi như thời gian qua, HAGL sẽ khó có thể hoàn thành được nhiệm vụ bầu Đức giao phó.
Trao đổi với báo chí, HLV Nguyễn Quốc Tuấn vẫn đặt niềm tin lớn vào Công Phượng và cho rằng nếu cải thiện khả năng dứt điểm tiền đạo người xứ Nghệ sẽ sớm lấy lại bản năng sát thủ của mình:
"Tôi tin Phượng sẽ nhanh chóng lấy lại phong độ của mình khi thi đấu với các đồng đội đã cùng nhau tập luyện từ bé. Thời gian qua Phượng sa sút cũng là điều dễ hiểu, bởi cậu ấy ít được thi đấu trong màu áo Mito Hollyhock. Chỉ cần sớm có bàn thắng ở V.League, Phượng sẽ trở lại mạnh mẽ".
Cùng trở về nước thi đấu, tuy nhiên do đang trong quá trình phục hồi chấn thương tiền vệ Tuấn Anh sẽ không thể cùng HAGL tham dự những vòng đầu của mùa giải mới. Đại diện của đội bóng phố Núi đã lên tiếng xác nhân, chân sút người Thái Bình sẽ phải làm khán giả ở 8 vòng đấu đầu tiên tại V.League 2017.