Theo đó, nhằm hiện thực hóa chỉ đạo của Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ, UBND thành phố Hà Nội chỉ đạo Thanh tra thành phố thanh tra toàn diện việc quản lý, sử dụng đất rừng còn lại trên địa bàn huyện Sóc Sơn, ngoài phạm vi thanh tra toàn diện tại địa bàn các xã Minh Trí, Minh Phú, khu vực các hồ: Đồng Quan, Hàm Lợn, Đồng Đò và một số hồ lớn khác.
UBND thành phố Hà Nội cũng giao cho Thanh tra thành phố chủ trì cùng các Sở: Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Tài nguyên và Môi trường, Quy hoạch Kiến trúc, Xây dựng và UBND huyện Sóc Sơn rà soát, tổng hợp kết quả thực hiện xử lý sau thanh tra đất rừng huyện Sóc Sơn.
Trong đó, yêu cầu làm rõ nội dung phải thực hiện; đã thực hiện; còn tồn tại; giải pháp từ đó đề xuất, báo cáo UBND thành phố để báo cáo Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ.
Trước đó, Văn phòng Chính phủ có công văn truyền đạt ý kiến chỉ đạo của Phó thủ tướng Trương Hòa Bình về tình trạng các công trình xây dựng vi phạm trên đất rừng phòng hộ tại nhiều xã thuộc huyện Sóc Sơn, thành phố Hà Nội.
Phó thủ tướng yêu cầu UBND thành phố Hà Nội, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Công an khẩn trương báo cáo kết quả thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng về việc xử lý sau thanh tra đất rừng huyện Sóc Sơn tại văn bản số 2664/VPCP-V.I ngày 22/5/2006 của Văn phòng Chính phủ trước ngày 15/12.
Phó thủ tướng Trương Hòa Bình cũng yêu cầu UBND thành phố Hà Nội chỉ đạo công tác thanh tra toàn diện việc quản lý, sử dụng đất rừng trên địa bàn huyện Sóc Sơn, đảm bảo kết luận đầy đủ, chính xác, khách quan và xử lý nghiêm các vi phạm theo đúng quy định của pháp luật.
Liên quan đến những phản ánh của báo chí, hồi tháng 10, UBND thành phố Hà Nội có văn bản gửi Thanh tra thành phố và các sở ngành liên quan yêu cầu thanh tra toàn diện việc quản lý, sử dụng đất rừng và trật tự xây dựng tại xã Minh Phú và xã Minh Trí (huyện Sóc Sơn).
Văn bản nêu rõ những vi phạm về quản lý đất đai, trật tự xây dựng tại khu vực quy hoạch đất rừng phòng hộ tại hai xã trên đã được Thanh tra Chính phủ và Thanh tra thành phố kết luận và kiến nghị xử lý.
UBND thành phố Hà Nội cũng đã có nhiều văn bản chỉ đạo xử lý sau thanh tra. Tuy nhiên, việc xử lý, khắc phục của UBND huyện Sóc Sơn và các sở ngành liên quan rất chậm, chưa triệt để, tiếp tục để xảy ra vi phạm.