Theo cáo trạng, tháng 7-2006, Phạm Hải Bằng được bổ nhệm làm phó giám đốc RPMU.
Với vai trò là chủ nhiệm dự án tuyến số 1, Phạm Hải Bằng đã trực tiếp chỉ đạo cấp dưới là Phạm Quang Duy và Nguyễn Nam Thái nhiều lần nhận tiền của JTC.
Số tiền nhận được bằng yen Nhật, sau đó các bị can đã đổi sang tiền VN đồng được 11 tỉ đồng. Trong số đó, Bằng quản lý, sử dụng 4,8 tỉ đồng; Nguyễn Nam Thái quản lý, sử dụng 3,4 tỉ đồng...
Các bị cáo tại tòa.
Phạm Hải Bằng khẳng định số tiền này đã chi hết vào việc tiếp khách, đối ngoại nhưng do không ghi chép nên Bằng không nhớ đã chi những khoản nào.
Việc sử dụng 11 tỉ đồng của JTC các bị can không mở sổ sách theo dõi, không báo cáo ai tại Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam.
Tuy nhiên qua các thời kỳ giám đốc RPMU, Phạm Hải Bằng có báo cáo với Trần Văn Lục (giám đốc từ năm 1999 đến tháng 9-2009), Trần Quốc Đông (giám đốc từ tháng 10-2009 đến tháng 5-2011) và Nguyễn Văn Hiếu (giám đốc từ tháng 6-2011 đến khi khởi tố vụ án).
Tuy nhiên, các bị can Lục, Đông, Hiếu không có chỉ đạo gì để chấm dứt việc sử dụng trái phép các khoản tiền từ JTC, để mặc cho Bằng, Thái nhận tiền và sử dụng trong thời gian dài.
Cáo trạng nhận định Lục, Đông, Thái cũng được hưởng lợi cá nhân từ việc sử dụng khoản tiền này.
“Vào dịp tết năm 2010, Phạm Hải Bằng đã đưa cho Trần Văn Lục 100 triệu đồng từ nguồn tiền của JTC; đưa cho Trần Quốc Đông 30 triệu đồng vào các dịp lễ, tết năm 2010-2011 và đưa cho Nguyễn Văn Hiếu 50 triệu đồng vào dịp tết âm lịch năm 2014” - cáo trạng nêu.
Cáo trạng cũng thể hiện khi tiếp nhận các khoản tiền nêu trên, Nguyễn Nam Thái thực hiện theo chỉ đạo của Bằng để sử dụng chi phí cho dự án như tiếp khách, đối ngoại…, một phần chuyển phòng Dự án 3 để chi phí chung cho các hoạt động như thưởng lễ, tết, chi nghỉ mát, chi cho Đoàn thanh niên, công đoàn, phụ nữ…
Việc nhận, sử dụng số tiền có nguồn gốc từ JTC, Thái lập bảng Excel để theo dõi nhưng sau mỗi lần báo cáo chốt số liệu chi tiêu với Phạm Hải Bằng thì Thái lại xóa các file đi…
Cáo trạng xác định các bị cáo Trần Văn Lục, Trần Quốc Đông, Nguyễn Văn Hiếu và Phạm Quang Duy biết việc nhận tiền từ nhà thầu JTC của Phạm Hải Bằng và Nguyễn Nam Thái, đồng tình để sự việc phạm tội diễn ra trong khoảng thời gian dài tại RPMU.
Quá trình điều tra, các bị can đã tự nguyện nộp tiền vào tài khoản tạm giữ của Cơ quan CSĐT Bộ Công an để khắc phục hậu quả.
Trong vụ án này còn có một số người liên quan như ông Nguyễn Hữu Bằng, nguyên chủ tịch Hội đồng thành viên kiêm tổng giám đốc Công ty Đường sắt Việt Nam; ông Ngô Anh Tảo, nguyên phó tổng Giám đốc Công ty Đường sắt Việt Nam… có trách nhiệm quản lý RPMU.
Tuy nhiên, trong phạm vi vụ án này, Cơ quan CSĐT Bộ Công an mới khởi tố, điều tra hành vi trái pháp luật trong việc nhận tiền ngoài hợp đồng từ nhà thầu JTC của các bị cáo, còn những nội dung khác liên quan đến trách nhiệm quản lý toàn bộ dự án, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã tách tài liệu để điều tra, xử lý sau.
