Trịnh Tiến Dũng (SN 1974, được xác định là người cầm đầu, đang bị truy nã quốc tế) và Lưu Thị Ngát (Giám đốc Công ty Khánh Hưng) thành lập và sử dụng 16 công ty "ma", xuất hóa đơn GTGT khống để hợp thức hóa đầu vào cho Công ty CP Thương mại Sài Gòn Tây Nam, Thuduc House, Công ty Hoàng Nam Anh để các công ty này xuất khẩu và hoàn thuế GTGT.
Khi tiền hàng và 10% tiền thuế GTGT được chuyển về tài khoản của 16 công ty "ma", Dũng chỉ đạo các đối tượng là nhân viên, người quen, lao động tự do rút tiền, chuyển tiền, nộp tiền... Sau đó, làm thủ tục kê khai khống hàng hóa đầu vào để các công ty "ma" được khấu trừ, không phải nộp khoảng 9,9% tiền thuế GTGT.
Để các công ty "ma" được hoạt động, Lưu Thị Ngát đã móc nối, đưa hối lộ cho cán bộ chi cục thuế các quận 1, 3, 5 để các công ty "ma" bán hóa đơn GTGT, kê khai khống hàng hóa đầu vào để được khấu trừ thuế.