Theo nội dung vụ án, ngày 31/5/2018, Thanh tra Bộ Quốc phòng thành lập đoàn công tác xác minh nội dung đơn thư của cán bộ, công nhân viên và người lao động thuộc Tổng Công ty Xây dựng Lũng Lô, Bộ Quốc phòng về việc năm 2015-2016, Tổng Công ty Lũng Lô mua và sử dụng 27.900.000 lít dung môi Napsol -01 và Naphtha nghi để pha chế xăng. Đoàn xác minh khi đó do bị cáo Dũng làm trưởng đoàn. Thời gian tiến hành xác minh từ ngày 4/6/2018 đến ngày 13/6/2018.
Trong quá trình thực hiện nhiệm vụ xác minh sai phạm tại Chi nhánh Lũng Lô Miền Nam, Trần Quốc Dũng lợi dụng là Trưởng đoàn xác minh đã thực hiện hành vi nhận số tiền 400 triệu đồng tại TPHCM vào ngày 9/6/2018.
Tiếp đó, ngày 25/6/2018, tại Hà Nội, Trần Quốc Dũng tiếp tục nhận 2,8 tỷ đồng từ Lê Quang Hiếu Hùng (phụ trách Phòng kinh doanh thuộc Chi nhánh Lũng Lô Miền Nam) để làm theo yêu cầu của Hùng là không xác minh mở rộng và đưa các sai phạm của Hùng và Công ty Vạn Xuân sang Cơ quan điều tra (Công ty Vạn Xuân là Công ty có liên quan đến vụ án “sản xuất, buôn bán hàng giả”, Tòa án Quân sự Quân khu 7 đã xét xử sơ thẩm tháng 12/2019).
Trước đó, ngày 20/6/2018, Trần Quốc Dũng đã chủ trì cuộc họp đoàn công tác nhằm đánh giá toàn bộ kết quả xác minh làm cơ sở để báo cáo với Chánh Thanh tra Bộ Quốc phòng và Thủ trưởng Bộ Quốc phòng.
Tại cuộc họp, các thành viên trong đoàn đã thống nhất đánh giá trên nhiều nội dung, trong đó có nội dung xác định các cá nhân phải chịu trách nhiệm đối với các sai phạm xảy ra tại Chi nhánh Lũng Lô Miền Nam; trong đó có Lê Quang Hiếu Hùng, phụ trách Phòng kinh doanh Chi nhánh Lũng Lô Miền Nam trong việc mua bán hóa chất Naphtha và Napsol-01.
Mặc dù các thành viên trong đoàn đã thống nhất ký tên vào biên bản, nhưng sau đó Trần Quốc Dũng đã ký báo cáo để báo cáo kết quả xác minh với Chánh Thanh tra Bộ Quốc phòng, trong báo cáo có nhiều nội dung đã bị Trần Quốc Dũng chỉnh sửa theo hướng có lợi cho Lê Quang Hiếu Hùng.
Cáo trạng số ngày 3/12/2019 của Viện kiểm sát quân sự Quân khu 7 truy tố bị can Trần Quốc Dũng về tội “Nhận hối lộ” theo quy định tại Điểm a, Khoản 4 Điều 354 Bộ Luật hình sự năm 2015, sửa đổi bổ sung năm 2017.
Tại phiên tòa sơ thẩm, Tòa án Quân sự Quân khu 7 tuyên bố bị cáo Trần Quốc Dũng phạm tội “Nhận hối lộ” và xử phạt bị cáo Trần Quốc Dũng 20 năm tù, thời hạn chấp hành hình phạt tù tính từ ngày bắt tạm giam (3/7/2019); tịch thu sung vào ngân sách nhà nước số tiền 3,2 tỷ đồng mà Trần Quốc Dũng đã nhận hối lộ; cấm bị cáo Trần Quốc Dũng đảm nhiệm các chức vụ do được bầu hoặc bổ nhiệm trong cơ quan, tổ chức trong thời hạn 5 năm, kể từ ngày chấp hành xong hình phạt tù.
Ngoài ra, qua việc xét xử tại phiên tòa, Hội đồng xét xử ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự về hành vi đưa hối lộ đối với Lê Quang Hiếu Hùng.