Miếu được xây gần như bao trùm trên một cồn đất nhỏ hình chữ nhật, diện tích khoảng 100 mét vuông nổi giữa sông Vàm Thuật.
Hai bờ sông dọc theo Miếu, bờ Tây là khu dân cư (thuộc phường 5, quận Gò Vấp), bờ Đông là vùng chuyên canh (thuộc phường An Phú Đông, quận 12).
Người dân sống gần khu vực Miếu Nổi cho hay: Tương truyền cách đây khoảng 3 thế kỷ, có một người dân chài cá, vớt được pho tượng mà mọi người cho rằng đó là pho tượng của bà Thủy Tề.
Sau đó người dân đã cùng nhau góp tiền xây dựng miếu thờ bà để cầu mong cho mưa thuận gió hòa, thuyền bè đi lại bình an.
Lúc đầu đây là chỉ là một ngôi miếu nhỏ. Năm 1989, một người Hoa tên Lục Câu (người dân sống tại Gò Vấp) đã bỏ tiền xây dựng ngôi miếu rộng và hoa văn hơn.
Từ đó, ngôi miếu gọi là miếu Phù Châu. Miếu Nổi có kiến trúc hài hòa qua sự kết hợp kiến trúc giữa người Việt và người Hoa.
Miếu Phù Châu được xây dựng theo hướng Nam, gồm ba tòa nhà nối liền nhau gồm: Tiền điện, Trung điện và Chính điện.
Chính điện ở chính giữa thờ Ngũ Hành Thánh Mẫu, bên trong đặt năm pho tượng gỗ thờ Kim, Thuỷ, Hỏa, Thổ, Mộc.
Đối diện điện thờ Ngũ Hành Thánh Mẫu là điện thờ bà Kim Mẫu, Địa Mẫu, Long Thần và Hộ Pháp. Phía trước có bàn hương án, thờ Bà Chúa Xứ Châu Đốc và Cửu Huyền. Bên phải chính điện thờ Quan Công, bên trái thờ Bao Công.
Đặc biệt, toàn bộ kiến trúc trong miếu đều được trang trí tinh xảo, đắp nổi hình rồng, phượng và cẩn sành sứ, các mái vòm cũng được cẩn sành sứ và ghép hình tỉ mỉ.
Miếu đã được công nhận là Di tích kiến trúc nghệ thuật cấp thành phố vào năm 2010.
Khách muốn sang Miếu Phù Châu phải đi đò từ Phường 5, Gò Vấp qua với mật độ 10 phút một chuyến.
Theo Ban quản lý miếu Phù Châu: Lễ hội miếu Phù Châu được tổ chức vào rằm tháng Giêng, tháng Hai và tháng Bảy.
Đến đây, du khách không chỉ cầu bình an và vãn cảnh thiên nhiên sông nước mà còn có thể mua cá hay chim để phóng sinh…