Vụ án Phạm Công Danh và đồng phạm xảy ra tại VNCB, ngày 26-7-2014 Cơ quan CSĐT - Bộ Công an đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can đối với Phạm Công Danh, nguyên Chủ tịch HĐQT VNCB cùng 49 bị can về 3 tội danh, trong đó có 25 đối tượng bị khởi tố về tội "Cố ý làm trái qui định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng"; 33 đối tượng bị khởi tố về tội "Vi phạm qui định về cho vay trong hoạt động các tổ chức tín dụng".
Trong đó có 12 đối tượng bị khởi tố 2 tội, gồm: "Cố ý làm trái..." và tội "Vi phạm qui định cho vay...".
Tháng 5-2015, cơ quan CSĐT - Bộ Công an đã kết thúc điều tra giai đoạn 1 và đề nghị truy tố đối với Phạm Công Danh cùng 35 đồng phạm.
Trong số 36 bị can, Phạm Công Danh nguyên Chủ tịch HĐQT VNCB; Phan Thành Mai, nguyên Tổng Giám đốc VNCB; Mai Hữu Khương, nguyên thành viên HĐQT, nguyên Tổng Giám đốc VNCB Chi nhánh Sài Gòn; Hoàng Đình Quyết, nguyên Phó Giám đốc phụ trách Chi nhánh Sài Gòn VNCB, Giám đốc VNCB Chi nhánh Lam Giang; Nguyễn Quốc Viễn, nguyên Trưởng ban kiểm soát VNCB, còn lại là cán bộ VNCB, giám đốc, phó giám đốc của 14 công ty.
Trong số này có 11 bị can bị truy tố về tội "Cố ý làm trái...", 7/11 bị can còn bị truy tố thêm tội "Vi phạm qui định về cho vay...". Đối với 25 bị can khác bị truy tố về tội "Vi phạm qui định về cho vay...".
Theo cáo trạng từ tháng 12-2012 đến tháng 8-2013, Phạm Công Danh đã chỉ đạo cấp dưới tổ chức thực hiện lập hồ sơ khống về việc nâng cấp hệ thống Core Banking gây thiệt hại cho VNCB hơn 62 tỷ đồng; chỉ đạo, tổ chức thực hiện lập khống hồ sơ thuê trụ sở tại 268 Tô Hiến Thành và 816 Sư Vạn Hạnh, quận 10, TP Hồ Chí Minh gây thiệt hại hơn 581 tỷ đồng; chỉ đạo rút 5.190 tỷ đồng tại VNCB nhưng không được sự đồng ý và không có chữ ký của chủ tài khoản Trần Ngọc Bích tại VNCB trên các ủy nhiệm chi và giúp 300 tỷ đồng tại VNCB không có hồ sơ vay; chỉ đạo việc phát hành, ủy thác đầu tư trái phiếu trái qui định, gây thiệt hại cho VNCB 903 tỷ đồng.
Tổng thiệt hại là hơn 7.000 tỷ đồng. Các hành vi nêu trên của Phạm Công Danh đã cấu thành tội "Cố ý làm trái..." qui định tại Điều 165 BLHS.
Trong thời gian từ tháng 12-2012 đến tháng 3-2014, Phạm Công Danh đã chỉ đạo các đối tượng Mai, Khương, Viễn... sử dụng pháp nhân 14 công ty (sân sau của Danh) để xây dựng các bộ hồ sơ kinh doanh, mua bán vật liệu khống, phương án trả nợ khống, lập biên bản họp Hội đồng quản trị không có thật, chỉ đạo 15 cá nhân chuyển khoản hoặc rút tiền mặt trái phép bằng các hồ sơ vay VNCB với số tiền 4.700 tỷ đồng để trả nợ cho một ngân hàng 2.600 tỷ đồng (thay cho các công ty của Tập đoàn Thiên Thanh vay trong khoản vay 4.700 tỷ đồng của ngân hàng nói trên); trả 500 tỷ đồng cho nhóm của Trần Ngọc Bích (của cá nhân Danh); trả nhóm Phú Mỹ 135 tỷ đồng (cho việc mua cổ phần).
Số tiền còn lại 1.465 tỷ đồng Phạm Công Danh khai nhận đã chi chăm sóc khách hàng nhưng không giải trình cụ thể được. Hành vi nêu trên của Phạm Công Danh gây thiệt hại cho VNCB là hơn 2000 tỷ đồng, cấu thành tội "Vi phạm qui định về cho vay..." qui định tại Điều 179 BLHS.
Vụ án đang tiếp tục được điều tra giai đoạn II. Ngày 30-6, Văn phòng Trung ương Đảng đã có công văn thông báo ý kiến chỉ đạo của đồng chí Tổng Bí Thư Nguyễn Phú Trọng, Trưởng ban chỉ đạo Trung ương về phòng chống tham nhũng về vụ án xảy ra tại Ngân hàng Xây dựng Việt Nam cần tập trung quyêt liệt đẩy nhanh tiến độ điều tra...
Theo đó, lãnh đạo Bộ Công an đã chỉ đạo cơ quan CSĐT mở rộng điều tra đối với số bị can đã được tách ra ở giai đoạn 1 cũng như một số đơn vị cá nhân có liên quan để sớm kết thúc giai đoạn II vụ án này đưa ra xét xử theo quy định của pháp luật.