Theo đó, UBKT Tỉnh ủy Bình Định nêu rõ, trong thời gian từ năm 2014 đến ngày 5/5/2019, là người đứng đầu Đảng bộ Cục Thuế tỉnh và Cơ quan Cục Thuế tỉnh, ông Thành đã thiếu kiểm tra đối với cấp dưới trong công tác kiểm tra hoàn thuế, kiểm tra người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế, chiếm đoạt tiền hoàn thuế của Nhà nước, dẫn đến hoàn thuế sai quy định.
Bên cạnh đó, ông Thành còn chưa làm tốt công tác giáo dục chính trị tư tưởng, phẩm chất đạo đức cho cán bộ, đảng viên trong đơn vị; thiếu kiểm tra, giám sát, chấn chỉnh kịp thời những vi phạm về quy trình thanh tra, kiểm tra thuế.
Hành vi này dẫn đến cán bộ, đảng viên trong đơn vị vi phạm pháp luật; chưa kịp thời chỉ đạo, áp dụng biện pháp khắc phục để thu hồi số thuế giá trị gia tăng đã hoàn sai, nộp lại quỹ hoàn thuế và không công khai thông tin nợ thuế của một số doanh nghiệp.
Trước đó, vào giữa tháng 10/2019, ông Nguyễn Công Thành cũng đã bị Bộ Tài chính kỉ luật bằng hình thức giáng chức từ Cục trưởng xuống làm Phó Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Bình Định.