Về vị trí, khu đất nghiên cứu lập quy hoạch chi tiết Bến xe khách Đông Anh tại nút giao giữa quốc lộ 3 và đường Vành đai 3 theo quy hoạch thuộc xã Uy Nỗ, huyện Đông Anh, có quy mô 74.239m2. Trong đó, bến xe khách và điểm đầu cuối xe buýt có diện tích 54.129m2.
Về ranh giới, phía Bắc bến xe giáp đường Vành đai 3 theo quy hoạch; phía Nam giáp Công ty cổ phần Cơ khí Đông Anh Licogi, Nhà máy Nhôm Đông Anh; phía Đông giáp khu dân cư thôn Đản Mỗ; phía Tây giáp quốc lộ 3 và nút giao cắt khác mức giữa quốc lộ 3 - đường Vành đai 3 theo quy hoạch.
Bến xe được tổ chức không gian cảnh quan kiến trúc gồm: Nhà điều hành (cao 3 tầng) được bố trí ở khu vực trung tâm bến xe, có kiến trúc mặt đứng được thiết kế hiện đại, mang đặc trưng của một bến xe liên tỉnh; nhà chờ cho xe khách và bãi đỗ các loại phương tiện giao thông công cộng; điểm đầu cuối xe buýt (cao 1 tầng).
Bãi đỗ xe có bố trí mái che tại khu vực đón trả khách, đan xen các tuyến cây xanh trong từng khu vực của bãi đỗ. Ngoài ra, còn có công trình dịch vụ thương mại (cao 9-12 tầng) được bố trí thấp dần về phía khu dân cư xã Uy Nỗ để hài hòa với cảnh quan hiện trạng.
Theo quy hoạch, Bến xe khách Đông Anh bố trí 148 chỗ đỗ xe, đảm nhận vai trò vận tải hành khách từ các tỉnh: Thái Nguyên, Bắc Kạn, Cao Bằng, Lạng Sơn vào trung tâm Hà Nội và điều tiết, hỗ trợ đảm nhận một phần lưu lượng vận tải từ các tỉnh: Vĩnh Phúc, Phú Thọ, Tuyên Quang, Hà Giang, Yên Bái, Lào Cai, Lai Châu.