17 bị cáo trong vụ án này sau khi bị xét xử sơ thẩm thì 9 bị cáo có đơn kháng cáo, trong đó 5 bị cáo kháng cáo kêu oan, 4 bị cáo nhận thức được sai lầm kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt.
Trước đó, TAND tỉnh Sơn La đã xét xử sơ thẩm vụ án này. Đây là vụ án cố ý làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng và thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng, xảy ra trong quá trình bồi thường giải phóng mặt bằng Dự án thủy điện Sơn La do 17 bị cáo nguyên là lãnh đạo một số sở, lãnh đạo huyện và lãnh đạo một số phòng, ban chuyên môn ở Sơn La gây ra.
Bản án sơ thẩm xác định, quá trình điều tra và thẩm vấn công khai tại phiên toà có đủ cơ sở xác định, đầu năm 2000, tỉnh Sơn La đã phối hợp với các bộ, ngành Trung ương tiến hành khảo sát, đánh giá tại khu vực mặt bằng công trường tại huyện Mường La và xã Tân Lập (huyện Mộc Châu).
Từ đó tổ chức lập phương án bồi thường, hỗ trợ đất đai, cây cối, hoa màu, tài sản trên đất đối với các hộ gia đình, cá nhân, tổ chức bị thu hồi đất phục vụ xây dựng Nhà máy Thuỷ điện Sơn La và di chuyển dân ra khỏi mặt bằng công trường.
Ngày 22-10-2003, UBND tỉnh Sơn La có Quyết định số 3708/QĐ-UB về việc thu hồi 2.070ha đất tại một số xã của huyện Mường La và xã Liệp Tè (huyện Thuận Châu) tạm giao cho Ban Quản lý dự án Nhà máy Thuỷ điện Sơn La để xây dựng tổng mặt bằng thi công công trình thuỷ điện Sơn La, đồng thời triển khai phương án bồi thường, hỗ trợ theo cơ chế, chính sách hiện hành.
Khi trả tiền bồi thường, nhiều hộ dân có đất thu hồi tại khu vực Nhà máy Thủy điện Sơn La không đồng ý vì cho rằng còn thiếu nhiều diện tích chưa được hỗ trợ.
Năm 2014, ông Trương Tuấn Dũng (thời điểm này là Phó Chủ tịch UBND huyện Mường La, kiêm Chủ tịch Hội đồng bồi thường, hỗ trợ tái định cư huyện Mường La) trực tiếp chỉ đạo công tác đo đạc, lập bản đồ địa chính phục vụ bồi thường, hỗ trợ đất nông nghiệp cho các hộ thuộc khu vực trong và ngoài công trường Nhà máy Thuỷ điện Sơn La.
Quá trình chỉ đạo tổ chức thực hiện, ông Dũng ký ban hành Kế hoạch số 41 của UBND huyện Mường La không đúng với các văn bản hướng dẫn của UBND tỉnh Sơn La, Bộ Tài nguyên và Môi trường, trong đó nghiêm trọng nhất là việc ông Dũng đã cho phép đơn vị tư vấn đo đạc, lập bản đồ địa chính khi không có các thủ tục pháp lý, dẫn tới việc thu hồi đất, bồi thường hỗ trợ sai cho hộ dân Đèo Văn Ban (63 tuổi, trú tại xã Mường Chùm, huyện Mường La, là Phó Bí thư Chi bộ và cũng là bị cáo trong vụ án này) số tiền gần 1,2 tỷ đồng.
Ông Phan Tiến Diện thời điểm phạm tội là Phó Chủ tịch UBND huyện Mường La (sau khi kiện toàn là Chủ tịch Hội đồng bồi thường, hỗ trợ tái định cư huyện Mường La thay ông Dũng) tiếp tục chỉ đạo công tác thu hồi đất, bồi thường hỗ trợ cho các hộ dân.
Ông Diện biết Kế hoạch số 41 do ông Dũng ký ban hành có nội dung không đúng các văn bản hướng dẫn, chỉ đạo của cấp trên nhưng vẫn ký các quyết định phương án thu hồi đất, phương án bồi thường hỗ trợ, dẫn đến việc bồi thường hỗ trợ sai cho các hộ dân, trong đó có hộ ông Đèo Văn Ban.
Với chức vụ Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường Sơn La, ông Triệu Ngọc Hoan có thẩm quyền ký ban hành bản đồ địa chính do đơn vị chuyên môn và Văn phòng đăng ký đất đai thực hiện nhưng đã không thực hiện đúng quy trình, quy định, không kiểm tra tài liệu, không nắm được bản đồ địa chính do Văn phòng đăng ký đất đai lập có đúng hay không, nhưng vẫn ký xác nhận hỗ trợ cho các hộ dân.
Các bị cáo khác dù biết Kế hoạch số 41 của UBND huyện Mường La trái với văn bản chỉ đạo của UBND tỉnh Sơn La cũng như Bộ TN&MT, nhưng vẫn thực hiện dẫn đến việc thất thoát ngân sách Nhà nước số tiền lớn.
Sau phiên toà sơ thẩm, 5 bị cáo có đơn kháng cáo kêu oan gồm: Trương Tuấn Dũng (SN 1960, nguyên Phó Chủ tịch UBND huyện Mường La, kiêm Chủ tịch Hội đồng bồi thường, hỗ trợ tái định cư huyện Mường La); Phan Tiến Diện (SN 1975, nguyên Phó Chủ tịch UBND huyện Mường La); Phan Đức Chính (SN 1961, nguyên Trưởng phòng Tài nguyên và Môi trường huyện Mường La). Phan Xuân Khoa (SN 1974, nguyên Phó Trưởng ban di dân huyện Mường La) và Đèo Văn Ban (SN 1956, nguyên Phó Bí thư Chi bộ bản Co Chai, xã Mường Chùm, huyện Mường La).
4 bị cáo có đơn kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt gồm: Trần Mạnh Trì (SN 1977, nguyên Phó Trưởng ban di dân huyện Mường La). Tòng Văn Thành (SN 1979, nguyên Bí thư Đảng ủy xã Chiềng Hoa, huyện Mường La).
Ngô Xuân Vân (SN 1965, nguyên cán bộ Phòng Tài nguyên và Môi trường huyện Mường La). Đỗ Tiến Đồng (SN 1978, nguyên Giám đốc Trung tâm Kỹ thuật Tài nguyên và Môi trường tỉnh Sơn La).
Quá trình xét xử phúc thẩm, HĐXX khẳng định, Tòa án cấp sơ thẩm đã xét xử đúng đúng người, đúng tội, đúng pháp luật và không có căn cứ xác định oan sai. Do đó không có căn cứ chấp nhận kháng cáo của 5 bị cáo: Dũng, Diện, Chính, Khoa và Ban.
Từ đó, HĐXX phúc thẩm quyết định bác kháng cáo của 5 bị cáo này. HĐXX phúc thẩm chấp nhận kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt của các bị cáo: Trì, Thành, Vân, Đồng. Lý do HĐXX phúc thẩm chấp nhận kháng cáo vì nhận thấy, trong quá trình xét xử phúc thẩm có những tình tiết mới.
Cụ thể, bị cáo Thành xin giảm nhẹ hình phạt thay vì kêu oan; bị cáo Vân đang mắc bệnh hiểm nghèo; bị cáo Đồng gia đình có công với cách mạng, chính quyền địa phương có văn bản xin được bảo lãnh.
HĐXX phúc thẩm quyết định giảm nhẹ 6 tháng tù về tội cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng (Điều 165 BLHS năm 1999) cho ba bị cáo: Thành, Vân và Trì. Bị cáo Đồng 36 tháng tù, chuyển từ án tù sang án treo. Các nội dung khác của bản án sơ thẩm không có kháng nghị, kháng cáo nên giữ nguyên.