Theo Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam, vào hồi 1h36 ngày 14.7.2017, theo kế hoạch của điều độ, tàu SQN2 tránh tàu SE1 tại ga Suối Vận thuộc tuyến ĐS Hà Nội – TP. Hồ Chí Minh.
Trực ban chạy tàu ga Suối vận đón tàu SQN2 vào đường số 2 sau đó lại tiếp tục đón tàu SE1 vào đường số 2. Lái tàu SE1 đã phát hiện và cho dừng tàu SE1 trước tàu SQN2 khoảng cách 80m.
Sau khi phát hiện sự cố, trực ban chạy tàu đã cho tàu SE1 lùi lại và dẫn tàu SE1 sang đường số 3 và cho tàu SQN2 chạy. Sự cố không gây thiệt hại về người và tài sản nhưng uy hiếp đến an toàn chạy tàu.
Sau khi xảy ra vụ việc xảy ra, Tổng Công ty đã chỉ đạo các Ban chuyên môn và đơn vị liên quan đến hiện trường nắm bắt vụ việc, tổng hợp hồ sơ, triệu tập các cá nhân, tập thể liên quan để tổ chức hội nghị phân tích.
Ngày 16.7.2017 Tổng Công ty đã tổ chức hội nghị phân tích để làm rõ nguyên nhân, quy trách nhiệm của tập thể và các cá nhân liên quan trong việc để xảy ra sự cố trên.
Nguyên nhân vụ việc được xác định là do trực ban chạy tàu ga Suối Vận không phổ biến kế hoạch tránh vượt tàu cho gác ghi Bắc, trong lúc ngồi chờ để đón tàu SQN2 vào đường số 2 đã ngồi ngủ thiếp đi không ra vị trí đón tàu SQN2.
Khi tàu SE1 đến mới nghe chuông, vội vã đón tàu SE1 vào đường 2 theo phản xạ tự nhiên, không thực hiện đúng các quy định hiện hành trong công tác đón tiễn tàu tổ chức tránh tàu tại ga.
Do đó, toàn bộ trách nhiệm vụ việc thuộc về ban chạy tàu lên ban ngày 14.7.2017 ga Suối Vận, thuộc Chi nhánh KTĐS Sài Gòn và ban này phải chịu trách nhiệm bồi hoàn toàn bộ các chi phí thiệt hại do sự cố gây nên.
Chi nhánh Khai thác đường sắt Sài Gòn hiện đã đình chỉ công tác và đề nghị sa thải đối với nhân viên trực ban chạy tàu, thôi giao nhiệm vụ trưởng ga 1 cá nhân, khiển trách giám sát viên khu vực và gác ghi đầu Bắc đồng thời hạ chất lượng công tác gác ghi đầu Nam.