Phiên tòa được mở theo kháng nghị của Viện KSND Cấp cao tại Hà Nội. Các bị cáo bị đưa ra xét xử phúc thẩm hai tội Cưỡng đoạt tài sản và Tàng trữ trái phép vũ khí quân dụng.
Theo bản án sơ thẩm, năm 2010, công ty TNHH Đại An do Nguyễn Ngọc Minh làm Giám đốc được UBND tỉnh Bắc Ninh cấp phép làm chủ đầu tư 2 khu chợ Phù Khê Thượng và Phù Khê Đông, thị xã Từ Sơn.
Ngoài ra, Minh "Sâm" còn tự ý biến một phần đất dự án làm chợ Tấn Bào để kinh doanh gỗ.
Minh "sâm" đã cầm đầu băng nhóm côn đồ ở Từ Sơn, tự thành lập Ban quản lý chợ Phù Khê Đông, giao cho con gái và con rể quản lý.
Còn khu chợ Phù Khê Thượng và chợ Tiến Bào, Minh Sâm giao cho đàn em thân tín là Nguyễn Thành Hưng (63 tuổi, tức Hưng "Sóc") điều hành.
Các xe trọng tải lớn khi vào chợ gỗ Phù Khê phải nộp cho băng nhóm của Minh "sâm" từ 1–3 triệu đồng/lần lưu bãi. Ô tô không chở hàng khi vào đây cũng phải nộp 50.000 đồng.
Ngoài ra, Minh Sâm còn chỉ đạo đàn em ép các phương tiện chở gỗ vào các kho bãi của hộ kinh doanh cá thể phải vào chợ dỡ hàng để thu phí bốc xếp, bến bãi. Trường hợp nào chống đối, sẽ bị đám đàn em của Minh "sâm" đe dọa, xử lý...
Dưới trướng của Minh “sâm” và Hưng “Sóc” có hàng chục thanh niên bặm trợn, có nhiều tiền án, tiền sự, nên dù bị cưỡng đoạt trắng trợn, thường xuyên, các chủ xe, thương lái buôn gỗ đã phải ngoan ngoãn nộp tiền để được yên ổn làm ăn.
Trước khi cáo trạng được ban hành, Nguyễn Thành Hưng (tức Hưng "Sóc") bị chết vì bệnh nên cơ quan chức năng đã đình chỉ điều tra đối với người này về 2 tội Cưỡng đoạt tài sản và Tàng trữ trái phép vũ khí quân dụng.
Nguyễn Ngọc Minh bị cơ quan điều tra xác định đã phạm tội Cưỡng đoạt tài sản và bị đề nghị truy tố theo khoản 2, điều 135 bộ luật Hình sự.
Phiên tòa sơ thẩm, Tòa án tỉnh Bắc Ninh đã tuyên phạt bị cáo Nguyễn Ngọc Minh 24 tháng tù giam. Các đồng phạm của Minh “Sâm” bị tuyên phạt từ 15 tháng tù treo đến hơn 18 tháng tù giam.
Sau phiên tòa sơ thẩm, Phó Thủ tướng Trương Hòa Bình - Trưởng ban chỉ đạo phòng, chống tội phạm của Chính phủ đề nghị Chánh án Tòa án nhân dân Tối cao, Viện trưởng Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao xem xét kết quả việc điều tra, truy tố, xét xử vụ án Nguyễn Ngọc Minh cùng đồng phạm.
Sau đó, Viện KSND Cấp cao tại Hà Nội đã kháng nghị phúc thẩm đối với bản án hình sự sơ thẩm số 19/2016/HSST của TAND tỉnh Bắc Ninh đối với vụ án Minh “Sâm”.