Vào thời điểm đầu thập niên 2010, bóng đá Indonesia xảy ra mâu thuẫn trầm trọng. Một số quan chức của Hiệp hội bóng đá nước này (PSSI) và nhiều đội bóng bày tỏ sự bất mãn về cách điều hành nền bóng đá của PSSI.
Điều này dẫn đến việc Ủy ban Tái thiết bóng đá Indonesia (KPSI) ra đời vào năm 2011, kéo theo việc nhiều CLB ly khai, không tham dự giải VĐQG Indonesian Premier League (IPL) do PSSI tổ chức nữa, mà tự thành lập giải đấu mới có tên Indonesian Super League (ISL).
Hệ quả là trong năm 2012, bóng đá xứ Vạn đảo có 2 giải VĐQG cùng cấp độ tồn tại song song với nhau. Tuy nhiên những rắc rối chưa dừng lại ở đó.
Indonesia vẫn được biết đến với tư cách một quốc gia yêu bóng đá cuồng nhiệt, cùng hệ thống cơ sở vật chất thi đấu vượt trội ở Đông Nam Á. Tuy nhiên những bất ổn nội bộ khiến họ cứ mãi quanh quẩn trong việc đi tìm lời giải cho việc lên ngôi vương khu vực trong suốt thời gian dài.
Tháng 3/2012, ĐT Indonesia có trận thua bẽ mặt 0-10 trước Bahrain tại vòng loại World Cup 2014. Điều đáng chú ý nằm ở chỗ, đội hình của ĐTQG gồm 100% cầu thủ đang thi đấu tại IPL..
Sau trận thua tủi hổ nói trên, KPSI "nổi giận" và quyết định tự thành lập một ĐTQG Indonesia khác, với thành phần từ các cầu thủ đang chơi tại ISL, giải đấu do họ tổ chức. Thậm chí, nhiều CLB thuộc ISL còn cấm các cầu thủ của mình sau này không được lên tập trung ĐTQG do PSSI phụ tránh, nếu không sẽ bị cắt hợp đồng.
Tình trạng mâu thuẫn âm ỉ này kéo dài đến tháng 10, thời điểm các đội tuyển trong khu vực chuẩn bị tập trung để tham dự AFF Cup 2012. ĐTQG chính thức do PSSI quản lý được HLV Nil Maizar dẫn dắt, còn ĐT Indonesia do KPSI quản lý được giao cho HLV Alfred Riedl.
Cả hai đội tuyển này tập trung cùng lúc và đều hướng đến mục tiêu dự AFF Cup 2012. Đã có thông tin lan truyền về việc một trận đấu quyết định sẽ được tổ chức giữa hai đội bóng nhằm chọn ra đại diện duy nhất của Indonesia.
Sau khi giúp Indonesia về nhì tại AFF Cup 2010, HLV Riedl được KPSI mời về làm việc để hướng tới giải đấu năm 2012. Nhưng cuối cùng đội tuyển do ông dẫn dắt đã không được công nhận để dự giải.
Tuy nhiên, LĐBĐ Đông Nam Á sau đó thông báo chỉ chấp nhận một ĐTQG Indonesia duy nhất do PSSI quản lý để dự giải. Tưởng như điều này sẽ giúp những tranh cãi tạm khép lại thì bất ngờ, PSSI đưa ra lời kêu gọi với các cầu thủ đang thi đấu tại ISL rằng hãy tạm bỏ qua những bất đồng để cống hiến cho tổ quốc.
Cuối cùng, bất chấp những đe dọa về việc chấm dứt hợp đồng, Bambang Pamungkas (Persija Jakarta) và Oktovianus Maniani (Persiram Raja Ampat) đã quyết định lên tập trung và tham dự AFF Cup 2012.
Tuy nhiên với sự lộn xộn trong quá trình chuẩn bị, đội hình chắp vá của HLV Nil Maizar không thể có được kết quả tốt. Truyền thông Indonesia khi đó cũng có nhiều chỉ trích vào việc ông Maizar triệu tập lão tướng Elie Aiboy (33 tuổi) đã xuống phong độ, hay vội vàng gọi một loạt cầu thủ nhập tịch như Raphael Maitimo, Tonnie Cussel và Jhon van Beukering để rồi tất cả đều chơi thất vọng.
Tiền đạo Bambang Pamungkas.
Trận ra quân, họ liên tục để Lào dẫn trước và phải đến phút 89 Vendry Ronaldo Mofu mới có được bàn gỡ ấn định tỉ số 2-2. Indonesia sau đó bất ngờ thắng Singapore 1-0 nhưng trận thua 0-2 trước chủ nhà Malaysia ở lượt cuối đã khiến đội bóng xứ Vạn đảo bị loại ngay sau vòng bảng.
Hành trình của ĐTQG Indonesia tại AFF Cup 2012 nhìn chung chính là sự phản án về mẫu thuẫn gây chia rẽ nội bộ nghiêm trọng của bóng đá nước này. Dù đến năm 2013, IPL và ISL đã được hợp nhất tuy nhiên tình trạng vẫn chưa thể được cải thiện hoàn toàn.
Hệ quả giữa năm 2015, FIFA ra án phát cấm thi đấu quốc tế ở mọi cấp độ với bóng dá Indonesia do để chính quyền can thiệp trực tiếp vào hoạt động của PSSI. Chính phủ Indonesia khi đó đã đình chỉ hoạt động của PSSI sau khi họ phớt lờ yêu cầu ra lệnh cấm thi đấu hai CLB có chủ sở hữu vi phạm những quy định mới của chính phủ.
FIFA buộc phải đưa ra án phạt sau nhiều lần cảnh báo để giải quyết tranh cãi nhưng không thành công. Hơn 1 năm sau, án phạt này mới được dỡ bỏ sau khi Chính phủ Indonesia đã gửi thư thông báo và cam kết rằng nghị định gây ra án phạt của FIFA đã không còn hiệu lực.