Cụ thể, Chính phủ đã xây dựng các phương án điều chỉnh hình thức đầu tư theo thứ tự ưu tiên như sau:
Phương án 1: Chuyển đổi sang đầu tư công toàn bộ 8 dự án thành phần. Tổng mức đầu tư khoảng 99.493 tỷ đồng, trong đó: đã bố trí kế hoạch 2016 - 2020 là 55.000 tỉ đồng, cần bổ sung thêm vốn ngân sách nhà nước (NSNN) 44.493 tỉ đồng .
Phương án 2: Chuyển đổi sang đầu tư công 5 dự án, gồm: 4 dự án cấp bách (đoạn Mai Sơn - Quốc lộ 45, Quốc lộ 45 - Nghi Sơn, Nghi Sơn - Diễn Châu và Phan Thiết - Dầu Giây) và 1 dự án không có nhà đầu tư qua sơ tuyển (đoạn Vĩnh Hảo - Phan Thiết); 3 dự án thành phần còn lại tiếp tục đầu tư theo hình thức PPP.
Tổng mức đầu tư khoảng 100.250 tỉ đồng; trong đó vốn NSNN khoảng 88.059 tỉ đồng (đã bố trí kế hoạch 2016 - 2020 là 55.000 tỉ đồng, cần bổ sung thêm 33.056 tỷ đồng), vốn huy động ngoài ngân sách khoảng 12.194 tỉ đồng.
Phương án 3: Chuyển đổi sang đầu tư công 3 dự án, gồm 2 dự án cấp bách (đoạn Mai Sơn - Quốc lộ 45 và Phan Thiết - Dầu Giây) và 1 dự án không có nhà đầu tư qua sơ tuyển (đoạn Vĩnh Hảo - Phan Thiết); 5 dự án thành phần còn lại tiếp tục đầu tư theo hình thức PPP.
Tổng mức đầu tư khoảng 100.816 tỉ đồng; trong đó: vốn NSNN nước khoảng 78.461 tỉ đồng (đã bố trí kế hoạch 2016 - 2020 là 55.000 tỉ đồng, cần bổ sung thêm 23.461 tỉ đồng), vốn huy động ngoài ngân sách khoảng 22.355 tỉ đồng.
Trình bày báo cáo thẩm tra sơ bộ (lần 2), Chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế của Quốc hội Vũ Hồng Thanh, cho biết phương án 1, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã kết luận không tán thành với phương án này tại Kết luận Phiên họp thứ 45.
Còn phương án 2, Thường trực Ủy ban Kinh tế thấy rằng phương án này cũng không phù hợp với các yêu cầu tại Kết luận của Ủy ban Thường vụ Quốc hội.
Về Phương án 3, có ba loại ý kiến, trong đó:
Loại ý kiến thứ nhất, đa số ý kiến cơ bản nhất trí với phương án chuyển đổi tối đa 3 dự án thành phần từ đầu tư theo phương thức PPP sang đầu tư sử dụng 100% vốn đầu tư công (đã bao gồm dự án Vĩnh Hảo - Phan Thiết là dự án không có nhà đầu tư qua vòng sơ tuyển).
Loại ý kiến thứ hai, một số ý kiến không tán thành việc chuyển đổi từ phương thức PPP sang đầu tư sử dụng 100% vốn đầu tư công.
Loại ý kiến thứ ba, có ý kiến nhất trí với số lượng và phương án lựa chọn dự án thành phần của Phương án 3 do Chính phủ đề xuất và cho rằng việc lựa chọn dự án Mai Sơn - Quốc Lộ 45 và dự án Phan Thiết - Dầu Giây là phù hợp do 2 dự án này có số vốn huy động lớn, nhà đầu tư khó có thể huy động được vốn tín dụng trong thời điểm hiện nay.
Đa số ý kiến Thường trực Ủy ban Kinh tế nhất trí với loại ý kiến thứ nhất, theo đó chỉ chuyển đổi tối đa 3 dự án thành phần, đồng thời đề nghị xem xét lựa chọn thứ tự ưu tiên dự án chuyển đổi theo nguyên tắc mà Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã nêu tại Phiên họp thứ 45.
Phát biểu tại phiên họp, Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân và Phó chủ tịch Thường trực Quốc hội Tòng Thị Phóng đồng ý với phương án chuyển đổi sang đầu tư công 3 dự án (phương án 3), gồm 2 dự án cấp bách (đoạn Mai Sơn - Quốc lộ 45 và Phan Thiết - Dầu Giây) và 1 dự án không có nhà đầu tư qua sơ tuyển (đoạn Vĩnh Hảo - Phan Thiết). Được hỏi ý kiến, Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính Ngân sách Nguyễn Đức Hải cũng đồng ý với phương án này.
Cuối phiên họp, Ủy ban Thường vụ Quốc hội lựa chọn phương án 3 trong tờ trình của Chính phủ. Thường vụ Quốc hội đề nghị Chính phủ hoàn thiện tờ trình để trình ra Quốc hội tại kỳ họp thứ 9 để Quốc hội xem xét quyết định.