Theo phương án tổ chức giao thông của Sở GTVT Hà Nội phục vụ cầu Vĩnh Tuy mở rộng thông xe, ô tô được cắm biển lưu thông tối đa 60 km/h, xe máy 40 km/h.
Tuy nhiên, ở phía cầu cũ (giai đoạn 1), mặt cầu có chung kết cấu, chiều rộng mặt đường như nhau nhưng biển báo lại quy định, ô tô chỉ được lưu thông với tốc độ tối đa 40 km/h, xe máy 30km/h.
Cầu Vĩnh Tuy được mở rộng gấp đôi, hai chiều đường có kết cấu, mặt cắt và mật độ phương tiện như nhau lại đang có 2 cách cắm biển báo, tổ chức giao thông khác đang khiến dư luận và người tham gia giao thông khó hiểu.
Cùng với đó, ở chiều cầu mới, làn ô tô và xe máy đều có dải phân cách cứng để tách biệt, tránh gây xung đột, tai nạn giao thông...
Nhưng với cầu cũ không có dải phân cách cứng chia tách làn ô tô, xe máy như cầu mới.
Do không có dải phân cách cứng tách dòng xe máy như chiều cầu mới, xe máy hiện đang đi lộn xộn, lấn sang cả làn ô tô.
Hơn nữa, hiện làn cầu cũ đã tổ chức giao thông 1 chiều cho xe từ Long Biên sang, nhưng hiện nay, ở giữa cầu và làn xe ở hai bên cánh gà cầu vẫn để vạch liền rất bất hợp lý, gây khó khăn cho phương tiện lưu thông.
Việc xóa các vạch liền ở giữa cầu và bên phía trái cầu rất đơn giản, chỉ 1 đêm là xong, nhưng hiện nay cầu Vĩnh Tuy 2 đã thông xe được 10 ngày, các đơn vị có trách nhiệm về tổ chức giao thông và duy tu, sửa chữa cầu Vĩnh Tuy vẫn chưa làm việc này.
Do ở giữa cầu có vạch liền kép và bên trái cầu cũng có vạch liền (trước đó dành cho xe máy) nên khi ùn tắc phương tiện không dám đè vạch để chuyển sang làn thông thoáng hơn.
Phương án tổ chức giao thông chưa phù hợp với thực trạng cầu Vĩnh Tuy mới và sự chậm trễ trễ điều chỉnh lại các biển báo, vạch kẻ sơn trên cầu Vĩnh Tuy cũ (giai đoạn 1) đang khiến cầu Vĩnh Tuy được hoàn thiện cả hai giai đoạn chưa phát huy hết hiệu quả đầu tư cũng như mang lại sự thuận tiện nhất cho phương tiện tham gia giao thông.