Những khoản phí sẽ thay đổi bao gồm: Phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản, có mức thu tối đa theo khung quy định đối với tất cả các loại khoáng sản.
Riêng Than bùn đề xuất thu ở mức tối thiểu do than bùn có chất lượng thấp hơn các loại than khác; Phí đấu giá, phí tham gia đấu giá tài sản cũng được thu với mức thu tối đa theo quy định tại Thông tư số 03/2012/TT-BTC. Bên cạnh đó Hà Nội sẽ bổ sung mức phí tham quan Khu trung tâm Hoàng Thành Thăng Long.
Phí trông giữ ô tô sẽ tăng từ 1,56 - 3 lần.
Phí sử dụng lòng đường, vỉa hè bến bãi, mặt nước đồng loạt tăng lên, có khu vực được thu cao gần gấp 2 lần mức hiện tại. Qua đó mức thu phí trông giữ ô tô sẽ tăng từ 1,56 - 3 lần.
Theo ông Phi Văn Tuấn – Cục trưởng Cục thuế Hà Nội, mục tiêu của việc điều chỉnh tăng mức phí trông giữ xe để bù đắp được chi phí (tiền lương, tiền công, tiền BHXH, chi phí xăng, xe, điện, nước...) tăng lên của tổ chức, cá nhân trông giữ xe, khuyến khích các doanh nghiệp tăng cường đầu tư xây dựng các bãi đỗ xe hiện đại làm giảm áp lực về giao thông tĩnh trên địa bàn thành phố, góp phần hạn chế ùn tắc giao thông.