Trận đấu với Fulham đúng là không may với Rooney, phong độ thi đấu không tốt từ trận gặp Everton khiến HLV Alex Ferguson quyết định để anh ngồi trên băng ghế dự bị ở lần tiếp đón Fulham ngay tại Old Trafford, Rooney chỉ vào sân từ phút 68 thay cho Kagawa. Sự có mặt của Rooney có phần nào nhạt nhòa bởi sự tỏa sáng của chính người anh vào thay và cả Van Persie nữa.

Đã không vui khi phải ngồi trên băng ghế dự bị, nhưng rồi Rooney cũng không thể rời sân theo cách bình thường. Ở gần cuối trận khi Fulham được thực hiện một quả phạt ngoài vòng cấm địa, Rooney đã đứng làm hàng rào, Hugo Rodallega là người thực hiện cú sút phạt và khi tiền đạo đội khách co chân sút Rooney đã lao lên và xoạc bóng.

Chân của Rodallega khi hạ xuống đã giẫm phải đùi của Rooney, gai của giày đã tạo ra một vết cắt ngay phía trên đầu gối củaWarra. Máu tứa ra và ngay lập tức các nhân viên y tế phải vào sân băng bó rồi đưa thẳng tiền đạo mang áo số 10 này rời sân bằng cáng đi thẳng tới bệnh viện. Theo dự đoán ban đầu, có thể Rooney đã bị rách cơ đùi.

Chấn thương của Rooney sẽ khiến anh phải ngồi ngoài khá nhiều trận đấu quan trọng, trong đó có 2 trận cùng tuyển Anh tại vòng loại World Cup 2010 cùng “Tam sư” gặp Moldova vào 7/9 và gặp Ukraina 4 ngày sau đó.