Nhiều người nghĩ rằng thai nhi nằm trong bụng mẹ sẽ rất an toàn và đề kháng được những ảnh hưởng xấu từ môi trường ô nhiễm, nhưng điều đó hoàn toàn sai lầm. Khi người mẹ mang bầu mà sống trong những vùng bị nhiễm xạ, không khí ô nhiễm nặng thì nguy cơ thai nhi nhiễm bệnh là rất cao, các căn bệnh này có thể thấy được ngay khi các bé mới chào đời như dị tật, khuyết bộ phận, hở hàm ếch... Nhưng cũng có một số bệnh mà các bé bị mắc từ trong bụng mẹ nhưng khi lớn lên thì bệnh mới phát triển.
Bào thai bị phơi nhiễm phóng xạ thì trẻ sinh ra có thể bị ung thư vào cuối đời. Thời gian phơi nhiễm càng lâu, nồng độ bức xạ càng lớn thì rủi ro mắc bệnh càng cao. Nếu khi mang thai người mẹ tiếp xúc liều phóng xạ thấp thì không gây rủi ro dị tật bẩm sinh. Tuy nhiên, rủi ro mắc bệnh ung thư cuối đời vẫn cao hơn nhóm không phơi nhiễm phóng xạ. Vì vậy mà các bà mẹ hạn chế đi chụp X-quang cũng như hạn chế tiếp xúc với phóng xạ.
Các loại hóa chất cũng góp phần không nhỏ với các dị tật thai nhi. Trong nhóm hóa chất, thủy ngân hữu cơ được xem là nguy hiểm nhất đối với quá trình phát triển của bào thai, bởi nó gây ảnh hưởng tới hệ thống thần kinh, chậm phát triển tâm thần. Nặng có thể gây mù mắt, hợp chất này có trong cá, trong nguồn nước và khi người mẹ dùng, các chất độc này sẽ truyền sang cho đứa trẻ.
Nhiễm độc chì hay chất hại có trong các sản phẩm giặt, xà phòng, bảo quản thực phẩm… cũng ảnh hưởng rất mạnh đến bào thai. Để hạn chế khuyết tật khi sinh thì nên sống trong môi trường trong lành, không nên ăn cá nhiễm thủy ngân, nguồn nước ô nhiễm cũng như hoa quả nhiễm độc hoặc có chứa hàm lượng hóa chất cao.
Ô nhiễm không khí là kẻ giết người thầm lặng, ảnh hưởng đến hô hấp, sự phát triển của thai nhi, làm chậm phát triển thần kinh, trí não, tâm thần vận động ở trẻ em. Nguy cơ mắc hen suyễn có liên quan đến ô nhiễm môi trường trong giai đoạn đầu đời và tỷ lệ mắc bệnh sẽ cao hơn ở những khu vực có mật độ giao thông cao.