Theo John McManus, giáo sư của Đại học Miami, hoạt động của con người đã phá hủy khoảng 16.200 ha rạn san hô ở biển Đông, trong đó chỉ riêng người Trung Quốc đã chiếm 98%. Điều này khiến khu vực biển Đông thiệt hại gần 6 tỉ USD mỗi năm.
Không công nhận các đánh giá khoa học, Trung Quốc nói rằng mình ít gây tổn hại cho các rạn san hô.
Trong hội thảo về biển Đông hồi tháng 7, ông Edgardo Gomez thuộc Đại học Philippines đã gọi biển Đông là "thiên đường trong lòng biển". Biển Đông là nơi sinh sống của hơn 76% loại san hô trên thế giới (khoảng 500 loại) và 37% loại cá sống giữa rạn san hô (khoảng 2.500 loại).
Xét về góc độ kinh tế, Gomez ước tính rằng các rạn san hô tạo ra nguồn lợi trị giá 350.000 USD/ha mỗi năm, nhiều hơn bất cứ hệ sinh thái tự nhiên nào khác, bao gồm rừng nhiệt đới, sông và hồ.
Tuy nhiên, hơn 40 dặm vuông san hô đã bị phá hủy bởi hoạt động đánh bắt trai biển khổng lồ trái phép, khi ngư dân sử dụng chân vịt của tàu để tách san hô lấy trai biển, một món được xem là cao lương mỹ vị ở Trung Quốc.
Ngoài ra, khoảng 22 dặm vuông biển cũng bị tàn phá vì hoạt động xây đảo nhân tạo (trái phép) của Bắc Kinh.