Do bị giới hạn bởi khung giá đất tối đa theo quy định của Chính phủ, nên giá đất được TP.HCM quy định và công bố chỉ bằng khoảng 30% giá chuyển nhượng thực tế trên thị trường.
Đối với đất nông nghiệp xen kẽ trong khu dân cư và đất vườn, ao trong cùng thửa đất có nhà ở có tổng mức bồi thường, hỗ trợ theo Nghị định số 69/2009/NĐ-CP thấp hơn so với quy định tại Nghị định số 84/2007/NĐ-CP nên chưa tạo sự đồng thuận của người bị thu hồi đất.
Tình trạng này gây bức xúc đối với người dân có đất bị thu hồi nên chính quyền địa phương gặp nhiều khó khăn khi triển khai thực hiện.