Sở hữu đội hình mạnh với nhiều tài năng trẻ đang chơi bóng ở V-League như: Bùi Hoàng Việt Anh, Đặng Văn Tới, Lê Văn Xuân hay thủ môn Dương Tùng Lâm nhưng U21 Hà Nội phải sớm rời cuộc chơi ngay sau khi kết thúc vòng loại dù được nhận định là ứng cử viên cho "ngôi vương" Giải U21 quốc gia 2020 mùa này.

Sau 2 trận hòa lần lượt trước U21 Viettel và U21 Nam Định ở vòng loại, thầy trò HLV Dương Hồng Sơn đã mất quyền tự quyết trong việc tranh một suất vào VCK Giải U21 quốc gia 2020.

Kết quả hòa 2-2 giữa U21 Viettel và U21 Nam Định ở lượt trận cuối bảng A chiều 2-12 đã đẩy U21 Hà Nội xuống vị trí thứ 3 chung cuộc và không đủ điều kiện để tham dự VCK diễn ra tại TP Nha Trang từ ngày 9-12 tới.

Kết thúc lượt trận cuối ở bảng A trên sân Trung Tâm Thể Thao Viettel, U21 Viettel, U21 Nam Định và U21 Hà Nội đều có cùng 5 điểm nhưng vì kém hơn về chỉ số đối đầu nên đội đương kim vô địch chỉ xếp vị trí thứ 3 chung cuộc. Vì thế, U21 Viettel và U21 Nam Định là hai đội giành được tấm vé đến Nha Trang tham dự VCK Giải U21 quốc gia mùa này.